Mentre l'esperimento era ancora in corso, Zimbardo si rese conto di aver commesso diversi gravi errori nella progettazione e nell'esecuzione. Un errore è stata la sua assunzione del ruolo di sovrintendente carcerario. Invece di limitarsi a osservare da una posizione neutrale o rivedere i dati in un secondo momento, Zimbardo si è fatto una figura autoritaria, il che significava che faceva parte dell'esperimento. Questo non solo ha influito sul comportamento delle guardie, ma ha anche influito sul suo stesso comportamento. È rimasto invischiato nello scenario del gioco di ruolo tanto quanto le guardie e i prigionieri, prendendo diverse decisioni dannose per l'esecuzione di un esperimento. In un caso, ha risposto a una voce di un breakout pianificato inviando un esperimentoconfederato di agire come informatore, contattando la polizia locale per chiedere aiuto, quindi trasferendo temporaneamente l'intera prigione su un altro piano, solo per scoprire che il piano era una voce.
L'altro grave errore di Zimbardo è stato quello di non utilizzare un gruppo di controllo , in modo da poter studiare una variabile specifica o un insieme di variabili nella prigione. Se vuoi vedere cosa succede quando esponi i pomodori a radiazioni , hai anche bisogno di un gruppo che non esponga a radiazioni in modo da poter misurare la differenza. Zimbardo non ha fatto questo. Ha creato uno scenario di gioco di ruolo elaborato, ma non c'era una prigione di controllo con regole o condizioni diverse con cui misurare i suoi risultati. Durante l'esperimento, uno dei suoi vecchi coinquilini ha visitato la prigione e ha chiesto quale fosse la variabile indipendente (la variabile che differiva tra il gruppo di controllo e il gruppo sperimentale) [fonte: Stanford Prison Experiment]. Zimbardo si rese conto solo più tardi di quanto fosse importante questa domanda.
Fu solo quando Christina Maslach, una laureata a Stanford e all'epoca fidanzata di Zimbardo, espresse indignazione morale per le condizioni della prigione e il comportamento di Zimbardo che si rese conto che l'esperimento era andato fuori controllo. Lo ha concluso il giorno successivo.
Ma Zimbardo aveva commesso un altro grave errore: voleva creare una prigione neutrale con i cosiddetti partecipanti medi. Ha fallito in una certa misura e le ragioni hanno serie implicazioni negli esperimenti di scienze sociali.
