Dopo che il presidente Ronald Reagan è entrato in carica nel 1981, ha deciso di fare affidamento principalmente sui membri del gabinetto e sul personale del loro dipartimento per un consiglio e ha emesso una direttiva che li mette, piuttosto che il personale del Consiglio di sicurezza nazionale, al timone di vari gruppi regionali e sottocomitati all'interno il NSC. Ha anche declassato il ruolo di consigliere per la sicurezza nazionale, assegnandolo a riferire al capo di stato maggiore della Casa Bianca e bloccando l'accesso diretto al presidente. Mentre quelle mosse miravano a ridurre i conflitti interni, un rapporto del Servizio di ricerca del Congresso ha successivamente concluso che dare il controllo ai membri del gabinetto "tendeva a ridurre la possibilità che tutti i lati di una determinata questione sarebbero stati posti davanti all'intero NSC o al Presidente" [fonte: Best ].
Invece di fornire informazioni, dare consigli e promuovere la cooperazione tra le agenzie, il personale dell'NSC è stato invece più coinvolto nella gestione dell'amministrazione Reaganazioni segrete, comprese alcune gestite al di fuori del tradizionale apparato di intelligence e anche della legge. Dopo che il Congresso approvò l'emendamento Boland del 1984, una legge che tagliava i soldi del governo degli Stati Uniti per i ribelli Contra in Nicaragua, il personale dell'NSC è diventato parte di uno sforzo segreto - guidato dal tenente colonnello Oliver North, membro dello staff dell'NSC - per raccogliere fondi da altri paesi e contributori privati. Secondo un rapporto di indagine del Congresso, quello sforzo alla fine si trasformò in "l'Enterprise", un'organizzazione privata che "aveva i propri aeroplani, piloti, aeroporti, operativi, navi, dispositivi di comunicazione sicura e conti bancari svizzeri segreti".
Parte del denaro raccolto con l'aiuto del personale dell'NSC è stato persino incanalato negli sforzi negli Stati Uniti per influenzare l'opinione pubblica e fare pressioni sui membri del Congresso affinché sostenesse il ripristino degli aiuti ai Contras [fonte: Iran-Contra Report ].
L'Enterprise è stata anche coinvolta in accordi segreti nel 1985 e nel 1986 in cui Israele ha venduto missili all'Iran per conto dell'amministrazione Reagan nel tentativo di ottenere il rilascio degli ostaggi detenuti in Libano. Circa $ 18 milioni dei $ 30 milioni di proventi di quelle vendite sono stati poi dirottati per sostenere i Contras [fonte: Iran-Contra Report , Pbs.org ].
Quando l'operazione è stata scoperta, è esplosa in un enorme scandalo pubblico, completo di audizioni televisive del Congresso e un'indagine di un avvocato indipendente. North è stato condannato dalla corte federale per tre accuse relative allo scandalo, anche se le sue condanne sono state successivamente ribaltate [fonte: Ostrow ].
