Biopython - Instalacja
Ta sekcja wyjaśnia, jak zainstalować Biopython na twoim komputerze. Jest bardzo łatwy w instalacji i nie zajmie więcej niż pięć minut.
Step 1 - Weryfikacja instalacji Pythona
Biopython został zaprojektowany do pracy z wersjami Python 2.5 lub nowszymi. Dlatego konieczne jest, aby najpierw zainstalować Pythona. Uruchom poniższe polecenie w wierszu polecenia -
> python --version
Jest zdefiniowany poniżej -
Pokazuje wersję Pythona, jeśli została poprawnie zainstalowana. W przeciwnym razie pobierz najnowszą wersję języka Python, zainstaluj ją, a następnie ponownie uruchom polecenie.
Step 2 - Instalacja Biopythona za pomocą pip
Biopython jest łatwy do zainstalowania przy użyciu pip z wiersza poleceń na wszystkich platformach. Wpisz poniższe polecenie -
> pip install biopython
Na ekranie pojawi się następująca odpowiedź -
Aby zaktualizować starszą wersję Biopython -
> pip install biopython –-upgrade
Na ekranie pojawi się następująca odpowiedź -
Po wykonaniu tego polecenia starsze wersje Biopython i NumPy (Biopython od tego zależy) zostaną usunięte przed zainstalowaniem najnowszych wersji.
Step 3 - Weryfikacja instalacji Biopythona
Teraz pomyślnie zainstalowałeś Biopython na swoim komputerze. Aby sprawdzić, czy Biopython jest poprawnie zainstalowany, wpisz poniższe polecenie na konsoli Pythona -
Pokazuje wersję Biopythona.
Alternate Way − Installing Biopython using Source
Aby zainstalować Biopython przy użyciu kodu źródłowego, postępuj zgodnie z poniższymi instrukcjami -
Pobierz najnowsze wydanie Biopython z poniższego linku - https://biopython.org/wiki/Download
Na razie najnowsza wersja to biopython-1.72.
Pobierz plik i rozpakuj skompresowany plik archiwum, przejdź do folderu kodu źródłowego i wpisz poniższe polecenie -
> python setup.py build
Spowoduje to zbudowanie Biopythona z kodu źródłowego, jak podano poniżej -
Teraz przetestuj kod za pomocą poniższego polecenia -
> python setup.py test
Na koniec zainstaluj za pomocą poniższego polecenia -
> python setup.py install