Biopython - Instalacja

Ta sekcja wyjaśnia, jak zainstalować Biopython na twoim komputerze. Jest bardzo łatwy w instalacji i nie zajmie więcej niż pięć minut.

Step 1 - Weryfikacja instalacji Pythona

Biopython został zaprojektowany do pracy z wersjami Python 2.5 lub nowszymi. Dlatego konieczne jest, aby najpierw zainstalować Pythona. Uruchom poniższe polecenie w wierszu polecenia -

> python --version

Jest zdefiniowany poniżej -

Pokazuje wersję Pythona, jeśli została poprawnie zainstalowana. W przeciwnym razie pobierz najnowszą wersję języka Python, zainstaluj ją, a następnie ponownie uruchom polecenie.

Step 2 - Instalacja Biopythona za pomocą pip

Biopython jest łatwy do zainstalowania przy użyciu pip z wiersza poleceń na wszystkich platformach. Wpisz poniższe polecenie -

> pip install biopython

Na ekranie pojawi się następująca odpowiedź -

Aby zaktualizować starszą wersję Biopython -

> pip install biopython –-upgrade

Na ekranie pojawi się następująca odpowiedź -

Po wykonaniu tego polecenia starsze wersje Biopython i NumPy (Biopython od tego zależy) zostaną usunięte przed zainstalowaniem najnowszych wersji.

Step 3 - Weryfikacja instalacji Biopythona

Teraz pomyślnie zainstalowałeś Biopython na swoim komputerze. Aby sprawdzić, czy Biopython jest poprawnie zainstalowany, wpisz poniższe polecenie na konsoli Pythona -

Pokazuje wersję Biopythona.

Alternate Way − Installing Biopython using Source

Aby zainstalować Biopython przy użyciu kodu źródłowego, postępuj zgodnie z poniższymi instrukcjami -

Pobierz najnowsze wydanie Biopython z poniższego linku - https://biopython.org/wiki/Download

Na razie najnowsza wersja to biopython-1.72.

Pobierz plik i rozpakuj skompresowany plik archiwum, przejdź do folderu kodu źródłowego i wpisz poniższe polecenie -

> python setup.py build

Spowoduje to zbudowanie Biopythona z kodu źródłowego, jak podano poniżej -

Teraz przetestuj kod za pomocą poniższego polecenia -

> python setup.py test

Na koniec zainstaluj za pomocą poniższego polecenia -

> python setup.py install