Première phase du règne d'Akbar
Depuis qu'Akbar tenait le trône à son adolescence; il avait été soutenu par un groupe de nobles.
La conquête de Bairam Khan
Bairam Khan est resté à la tête des affaires de l'empire moghol pendant près de quatre ans et pendant cette période, il a gardé la noblesse entièrement sous contrôle.
Les territoires de l'Empire moghol s'étendent de Kaboul (au nord) à Jaunpur (à l'est) et Ajmer (à l'ouest).
Les forces mogholes ont capturé Gwalior et des efforts vigoureux ont été faits pour conquérir Ranthambhor et Malwa.
La chute de Bairam Khan
Sur une période de temps, Akbar approchait de l'âge de la maturité. D'autre part, Bairam Khan est devenu arrogant et avait offensé de nombreuses personnes puissantes et nobles de la cour moghole (car il détenait le pouvoir suprême). Beaucoup de nobles se sont plaints à Akbar que Bairam Khan était un chiite et qu'il nommait ses propres partisans et chiites à de hautes fonctions, tout en négligeant les anciens nobles.
Les accusations portées contre Bairam Khan n'étaient pas très sérieuses en elles-mêmes, mais il (Bairam Khan) est devenu égoïste et n'a donc pas réalisé qu'Akbar grandissait. En fait, il y avait des frictions sur une petite question, ce qui a fait comprendre à Akbar qu'il ne pouvait plus laisser les affaires de l'État entre les mains de quelqu'un d'autre.
Pour contrôler Bairam Khan, Akbar a joué ses cartes intelligemment. Il quitta Agra sous prétexte de chasser et vint à Delhi. De Delhi, Akbar a publié un fermier (convocation) a renvoyé Bairam Khan de son bureau, et a ordonné à tous les nobles de venir et de se soumettre à lui personnellement.
Le fermier fit comprendre à Bairam Khan qu'Akbar voulait prendre le pouvoir entre ses propres mains; donc, il était prêt à se soumettre, mais ses adversaires tenaient à le ruiner. Ils l'ont humilié jusqu'à ce qu'il soit poussé à se rebeller.
La rébellion a distrait l'empire pendant près de six mois. Finalement, Bairam Khan a été forcé de se soumettre à la cour d'Akbar; Akbar le reçut cordialement et lui donna la possibilité de servir à la cour (n'importe où) ou de se retirer à La Mecque.
Bairam Khan a choisi de se retirer à La Mecque. Sur le chemin de la Mecque, il a été assassiné à Patan près d'Ahmadabad par un Afghan qui lui en voulait personnellement.
La femme de Bairam Khan et un jeune enfant ont été amenés à Akbar à Agra. Akbar a épousé la veuve de Bairam Khan (qui était aussi son cousin) et a élevé l'enfant comme son propre fils.
L'enfant de Bairam Khan est devenu plus tard populaire comme Abdur Rahim Khan-i-Khanan et a occupé certains des bureaux et commandements les plus importants de l'Empire moghol.
Pendant la rébellion de Bairam Khan, certains groupes et individus de la noblesse sont devenus politiquement actifs. Le groupe comprenait la mère adoptive d'Akbar, Maham Anaga, et ses proches. Cependant, Maham Anaga s'est rapidement retiré de la politique.
Le fils de Maham Anaga, Adham Khan, était un jeune homme impétueux. Il a pris des airs indépendants quand il avait été envoyé pour commander une expédition contre Malwa. Il a réclamé le poste de wazir , et quand cela n'a pas été accepté, il a poignardé le wazir par intérim dans son bureau. Son acte tyrannique a enragé Akbar. En 1561, Adham Khan avait été jeté du parapet du fort et il mourut.
Bien avant la maturité d'Akbar et l'établissement de sa pleine autorité, les Ouzbeks formèrent un groupe puissant. Ils ont occupé des postes importants dans l'est de l'Uttar Pradesh, au Bihar et à Malwa.
Entre la période de 1561 et 1567, les Ouzbeks se sont rebellés à plusieurs reprises, obligeant Akbar à prendre le terrain contre eux. Chaque fois qu'Akbar était amené à leur pardonner. Cependant, le rebelle de 1565 a exaspéré Akbar à un tel niveau qu'il a juré de faire de Jaunpur sa capitale jusqu'à ce qu'il les ait extirpés.
Encouragé par les rébellions des Ouzbeks, le demi-frère d'Akbar, Mirza Hakim, qui avait pris le contrôle de Kaboul, s'avança dans le Pendjab et assiégea Lahore. En conséquence, les rebelles ouzbeks l'ont officiellement proclamé comme leur dirigeant.
L'attaque de Mirza Hamim a été la crise la plus grave à laquelle Akbar a dû faire face depuis la prise de Delhi par Hemu. Cependant, la bravoure d'Akbar et une certaine chance lui ont permis de triompher.
De Jaunpur, Akbar a déménagé directement à Lahore, a forcé Mirza Hakim à se retirer. Pendant ce temps, la rébellion des Mirza était écrasée, les Mirzas s'enfuyaient à Malwa et de là au Gujarat.
En 1567, Akbar est retourné à Jaunpur de Lahore. Traversant la rivière Yamuna près d'Allahabad (au plus fort de la saison des pluies), Akbar a surpris les rebelles menés par les nobles ouzbeks et les a complètement mis en déroute.
Les chefs ouzbeks ont été tués dans la bataille; de même, leur rébellion prolongée a pris fin.