Fase inicial do reinado de Akbar
Já que Akbar ocupou o trono na sua adolescência; ele tinha sido apoiado por um grupo de nobres.
Conquista de Bairam Khan
Bairam Khan permaneceu no comando dos assuntos do Império Mughal pelos próximos quatro anos e durante este período, ele manteve a nobreza totalmente sob controle.
Os territórios do Império Mughal foram estendidos de Cabul (no norte) a Jaunpur (no leste) e Ajmer (no oeste).
As forças Mughal capturaram Gwalior e esforços vigorosos foram feitos para conquistar Ranthambhor e Malwa.
Queda de Bairam Khan
Após um período de tempo, Akbar estava se aproximando da idade da maturidade. Por outro lado, Bairam Khan tornou-se arrogante e ofendeu muitas pessoas poderosas e nobres da corte Mughal (visto que detinha o poder supremo). Muitos dos nobres reclamaram com Akbar que Bairam Khan era xiita e que estava nomeando seus próprios apoiadores e xiitas para altos cargos, enquanto negligenciava os antigos nobres.
As acusações contra Bairam Khan não eram muito sérias em si mesmas, mas ele (Bairam Khan) tornou-se egoísta e, portanto, não percebeu que Akbar estava crescendo. Na verdade, houve um atrito em um assunto mesquinho, o que fez Akbar perceber que não poderia deixar os assuntos de estado nas mãos de outra pessoa por mais tempo.
Para controlar Bairam Khan, Akbar jogou suas cartas com inteligência. Ele deixou Agra com o pretexto de caçar e veio para Delhi. De Delhi, Akbar emitiu um fazendeiro (convocação) demitiu Bairam Khan de seu cargo e ordenou que todos os nobres viessem e se submetessem a ele pessoalmente.
O fazendeiro fez Bairam Khan perceber que Akbar queria tomar o poder em suas próprias mãos; então, ele estava preparado para se submeter, mas seus oponentes estavam ansiosos para arruiná-lo. Eles o humilharam até que foi instigado a se rebelar.
A rebelião distraiu o império por quase seis meses. Finalmente, Bairam Khan foi forçado a se submeter no tribunal de Akbar; Akbar o recebeu cordialmente e deu-lhe a opção de servir na corte (em qualquer lugar) ou retirar-se para Meca.
Bairam Khan decidiu se retirar para Meca. A caminho de Meca, ele foi assassinado em Patan, perto de Ahmadabad, por um afegão que guardava rancor dele.
A esposa de Bairam Khan e uma criança foram levadas para Akbar em Agra. Akbar casou-se com a viúva de Bairam Khan (que também era sua prima) e criou a criança como se fosse seu próprio filho.
O filho de Bairam Khan mais tarde se tornou popular como Abdur Rahim Khan-i-Khanan e ocupou alguns dos cargos e comandos mais importantes do Império Mughal.
Durante a rebelião de Bairam Khan, alguns grupos e indivíduos da nobreza tornaram-se politicamente ativos. O grupo incluía a mãe adotiva de Akbar, Maham Anaga, e seus parentes. No entanto, Maham Anaga logo se retirou da política.
O filho de Maham Anaga, Adham Khan, era um jovem impetuoso. Ele assumiu ares independentes quando foi enviado para comandar uma expedição contra Malwa. Ele reivindicou o posto de wazir , e quando isso não foi aceito, ele esfaqueou o wazir em exercício em seu escritório. Seu ato tirânico enfureceu Akbar. Em 1561, Adham Khan foi jogado do parapeito do forte e morreu.
Muito antes da maturidade de Akbar e de estabelecer sua autoridade plena, os uzbeques formaram um grupo poderoso. Eles ocuparam cargos importantes no leste de Uttar Pradesh, Bihar e Malwa.
Entre o período de 1561 e 1567, os uzbeques se rebelaram várias vezes, forçando Akbar a entrar em campo contra eles. Cada vez que Akbar era induzido a perdoá-los. No entanto, os rebeldes de 1565 exasperaram Akbar a tal ponto que ele jurou fazer de Jaunpur sua capital até que os erradicasse.
Incentivado pelas rebeliões dos uzbeques, o meio-irmão de Akbar, Mirza Hakim, que havia assumido o controle de Cabul, avançou para o Punjab e sitiou Lahore. Como resultado disso, os rebeldes uzbeques o proclamaram formalmente como seu governante.
O ataque de Mirza Hamim foi a crise mais séria que Akbar teve de enfrentar desde a captura de Délhi por Hemu. No entanto, a bravura de Akbar e uma certa dose de sorte permitiram que ele triunfasse.
De Jaunpur, Akbar mudou-se diretamente para Lahore, forçando Mirza Hakim a se aposentar. Enquanto isso, a rebelião dos Mirza foi esmagada, os Mirzas fugiram para Malwa e de lá para Gujarat.
Em 1567, Akbar voltou para Jaunpur de Lahore. Cruzando o rio Yamuna perto de Allahabad (no auge da estação chuvosa), Akbar surpreendeu os rebeldes liderados pelos nobres uzbeques e os expulsou completamente.
Os líderes uzbeques foram mortos na batalha; da mesma forma, sua prolongada rebelião chegou ao fim.