องค์กรภายในของ บริษัท
กฎบัตร 1600 ทำให้ บริษัท อินเดียตะวันออกมีสิทธิพิเศษในการซื้อขายทางตะวันออกของแหลมกู๊ดโฮปเป็นระยะเวลา 15 ปี
กฎบัตรจัดทำขึ้นเพื่อการบริหารจัดการของ บริษัท โดยคณะกรรมการซึ่งประกอบด้วยผู้ว่าการรองผู้ว่าการและสมาชิก 24 คนโดยได้รับการเลือกตั้งจากองค์กรทั่วไปของร้านค้าที่จัดตั้ง บริษัท ต่อมาคณะกรรมการชุดนี้ได้รับการขนานนามว่า 'ศาลกรรมการ' และสมาชิกของคณะกรรมการดังกล่าวเป็น 'กรรมการ'
บริษัท อินเดียตะวันออกกลายเป็น บริษัท การค้าที่สำคัญที่สุดของอังกฤษในไม่ช้า ระหว่างปี 1601 ถึง 1612 อัตรากำไรบันทึกประมาณร้อยละ 20 ต่อปี
ผลกำไรของ บริษัท อินเดียตะวันออกได้มาทั้งจากการค้าและจากการละเมิดลิขสิทธิ์ไม่มีเส้นแบ่งที่ชัดเจนระหว่างทั้งสองในเวลานั้น
ในปี 1612 บริษัท ทำกำไรได้ 1,000,000 ปอนด์จากทุน 200,000
บริษัท เป็น บริษัท ปิดอย่างเคร่งครัดหรือเป็น บริษัท ผูกขาด ห้ามมิให้ผู้ที่ไม่ใช่สมาชิกทำการค้ากับตะวันออกหรือแบ่งปันผลกำไรสูง
จากจุดเริ่มต้นผู้ผลิตในอังกฤษและพ่อค้าที่ไม่สามารถรักษาสถานที่ในกลุ่ม บริษัท ผูกขาดได้ดำเนินการรณรงค์ต่อต้านการผูกขาดของราชวงศ์อย่าง บริษัท Fast India Company แต่กษัตริย์กลับโยนอิทธิพลของพวกเขาไว้เบื้องหลัง บริษัท ใหญ่ ๆ ที่ให้สินบนแก่พวกเขาและผู้นำทางการเมืองที่มีอิทธิพลคนอื่น ๆ
ตั้งแต่ปี 1609 ถึง 1676 บริษัท ให้เงินกู้จำนวน 170,000 ปอนด์แก่ Charles II ในทางกลับกันชาร์ลส์ที่ 2 ได้มอบกฎบัตรชุดหนึ่งเพื่อยืนยันสิทธิพิเศษก่อนหน้านี้เพิ่มขีดความสามารถในการสร้างป้อมยกกองทัพทำสงครามและสันติภาพด้วยอำนาจของตะวันออกและมอบอำนาจให้คนรับใช้ในอินเดียบริหารความยุติธรรมให้กับชาวอังกฤษและคนอื่น ๆ อาศัยอยู่ในถิ่นฐานของอังกฤษ ดังนั้น บริษัท จึงถูกครอบงำโดยอำนาจทางทหารและกระบวนการยุติธรรมอย่างกว้างขวาง
พ่อค้าชาวอังกฤษจำนวนมากยังคงค้าขายในเอเชียทั้งๆที่ บริษัท อินเดียตะวันออกผูกขาด พวกเขาเรียกตัวเองว่า 'Free Merchants' ในขณะที่ บริษัท เรียกพวกเขาว่า Interlopers '
ในท้ายที่สุด Interlopers ได้บังคับให้ บริษัท นำพวกเขาเข้าร่วมเป็นหุ้นส่วน
การเปลี่ยนแปลงของโชคชะตาเกิดขึ้นในปี 1688 เมื่อรัฐสภามีอำนาจสูงสุดในอังกฤษอันเป็นผลมาจากการปฏิวัติปี 1688 ซึ่งโค่นล้มกษัตริย์สจวร์ตเจมส์ที่ 2 และเชิญวิลเลียมที่ 3 และแมรี่ภรรยาของเขาให้เป็นผู้มีอำนาจอธิปไตยร่วมของอังกฤษ
ตอนนี้ "พ่อค้าเสรี" เริ่มกดดันคดีของพวกเขาต่อสาธารณชนและรัฐสภา แต่ บริษัท ปกป้องตัวเองด้วยการให้สินบนอย่างหนักต่อกษัตริย์รัฐมนตรีของเขาและสมาชิกรัฐสภา ในหนึ่งปีเพียงปีเดียวมีการใช้จ่ายสินบนถึง 80,000 บาทโดยมอบให้แก่กษัตริย์ 10,000 ปอนด์ ในท้ายที่สุดพวกเขาก็ได้รับกฎบัตรใหม่ในปีค. ศ. 1693
เวลาทำงานกับ บริษัท ; ความสำเร็จนั้นอยู่ในช่วงสั้น ๆ ในปีค. ศ. 1694 สภาได้มีมติว่า "ชาวอังกฤษมีสิทธิเท่าเทียมกันในการค้าขายในหมู่เกาะอินเดียตะวันออกเว้นแต่จะห้ามโดยพระราชบัญญัติของรัฐสภา"
คู่แข่งของ บริษัท ก่อตั้ง บริษัท อื่นและให้เงินกู้ 2,000,000 ปอนด์แก่รัฐบาลในช่วงเวลาที่ บริษัท เก่าสามารถเสนอได้เพียง 700,000 ปอนด์ ด้วยเหตุนี้รัฐสภาจึงให้การผูกขาดการค้ากับตะวันออกแก่ บริษัท ใหม่
บริษัท เก่าไม่ยอมเลิกค้ากำไรง่ายๆ มันซื้อหุ้นขนาดใหญ่ใน บริษัท ใหม่เพื่อให้สามารถมีอิทธิพลต่อนโยบายของ บริษัท ในเวลาเดียวกันคนรับใช้ในอินเดียปฏิเสธที่จะให้คนรับใช้ของ บริษัท ใหม่ทำการค้า
ทั้ง บริษัท เก่าและใหม่ต้องเผชิญกับความพินาศอันเป็นผลมาจากความขัดแย้งซึ่งกันและกัน ในที่สุดในปี 1702 ทั้งสองก็รวมพลังกันและร่วมกันก่อตั้ง บริษัท ที่เป็นหนึ่งเดียว
บริษัท ใหม่มีสิทธิเป็น 'The Limited Company of Merchants of England trading to the East Indies' มีขึ้นในปี 1708
โรงงานของ บริษัท ในอินเดีย
ในขณะที่ บริษัท อินเดียตะวันออกค่อยๆมีอำนาจมากขึ้นและมีแนวโน้มที่จะได้รับสถานะของรัฐอธิปไตยในอินเดียองค์กรของโรงงานในอินเดียก็เปลี่ยนไปและพัฒนาตามไปด้วย
โดยทั่วไปโรงงานของ บริษัท เป็นพื้นที่เสริมซึ่งเป็นที่ตั้งของคลังสินค้า (ร้านค้า) สำนักงานและบ้านของพนักงานของ บริษัท
คนรับใช้ของ บริษัท แบ่งออกเป็นสามระดับ -
Writers,
ปัจจัยและ
Merchants.
พนักงานที่ได้รับการจัดอันดับทั้งสามอาศัยและรับประทานอาหารร่วมกันราวกับอยู่ในหอพักและเป็นค่าใช้จ่ายของ บริษัท
โรงงานที่มีการค้าบริหารงานโดยก Governor-in-Council. ผู้ว่าการรัฐเป็นเพียงประธานสภาและไม่มีอำนาจนอกเหนือจากสภาซึ่งตัดสินใจด้วยคะแนนเสียงข้างมาก สภาประกอบด้วยพ่อค้าอาวุโสของ บริษัท