अल्फा विविधता wilcox.test

Question

मैं अल्फा विविधता में महत्वपूर्ण अंतर का पता लगाने के लिए विलकॉक्स परीक्षण करने की कोशिश कर रहा हूं लेकिन यह एक त्रुटि दिखा रहा है? physeqN2 एक phyloseq ऑब्जेक्ट है और सीज़न मेटाडेटा स्तंभ है।

results = estimate_richness(physeqN2, measures = 'Chao1')

d = sample_data(physeqN2)

# calculate Wilcox Test
Wet.root = results[d[,'Season'] == 'Wet',]
Dry.root = results[d[,'Season'] == 'Dry',]
pmv <-pairwise.wilcox.test(Wet.root, Dry.root)

capture.output(pmv, file = "chao1.16s.wet_vs_Dry.root.txt")

Error;
Error in wilcox.test.default(xi, xj, paired = paired, ...) :
  'x' must be numeric
Calls: pairwise.wilcox.test ... compare.levels -> wilcox.test -> wilcox.test.def                                                                                        ault
Execution halted

मैं hvae एक और तरीके से करने की कोशिश की, लेकिन यहाँ भी त्रुटि हो रही है?

alpha.diversity <- estimate_richness(physeqN2, measures=c("Chao1"))


## Wilcox on observed richness
data <- cbind(sample_data(physeqN2), alpha.diversity)
pmv <-pairwise.wilcox.test(Chao1 ~ Season, data)

capture.output(pmv, file = "chao1.16s.wet_vs_Dry.root.txt")

Error:

Error in if (length(ans) == 0L || as.character(ans[[1L]])[1L] == "~") { :
  missing value where TRUE/FALSE needed
Calls: pairwise.wilcox.test ... sapply -> lapply -> FUN -> compare.levels -> [ -> [.formula
Execution halted

बहुत धन्यवाद

Answer 1

मुझे लगता है कि यह इनपुट डेटा में एक बग है।

एक जंगली अनुमान पर जो मुझे लगता है कि हो रहा है इनपुट डेटा को युग्मित नहीं माना जाता है, इसलिए त्रुटि paired = paired। दूसरी अजीब त्रुटि है x must be numeric। पहले तो,

• आप -किसी भी संयोग से गायब डेटा को कैसे प्राप्त कर रहे हैं, इसके माध्यम से नहीं। मिसिंग डेटा nanटाइप सिंटैक्स के माध्यम से होना चाहिए ।
• क्या आप सुनिश्चित हैं कि कोई शीर्षक कीड़े नहीं हैं? जैसे एक हेडर संख्यात्मक डेटा में घसीटा जा रहा है?

विल्कोक्सन एक गैर-पैरामीट्रिक टी परीक्षण है, इसलिए गीली जड़ और सूखी जड़ को बिल्कुल एक ही नमूने से मेल खाना चाहिए। इस प्रकार यह सामान्य गीला जड़ बनाम जेनेरिक सूखी जड़ नहीं है, बल्कि एक ही नमूने से गीला और सूखा होता है। यदि यह वह डेटा है जो आपके पास प्रोग्राम है ऐसा नहीं लगता कि यह मेल खा रहा है।

यदि यह समान रूप से जोड़ा जाता है, तो मुझे लगता है कि त्रुटि का स्रोत आपके पास कुछ लापता मूल्य है जो जोड़ियों को असमान लंबाई छोड़ रहा है या फिर हेडर बग।

यदि डेटा वास्तव में युग्मित नहीं है, तो मैं मान-व्हिटनी यू परीक्षण को देखूंगा, यह इस परिदृश्य में आसान होगा।

मैं R सिंटैक्स (सिर्फ पांडा डेटाफ्रेम) का उपयोग नहीं करता, इसलिए यह नहीं कह सकता कि पहले उदाहरण में सिंटैक्स मान्य है, लेकिन यह आपके इनपुट के बारे में बहुत स्पष्ट है। पाइथन में आप आमतौर पर इसे पूरा डेटाफ्रेम देते हैं और इसे जाने का आंकड़ा बताते हैं।

वास्तविकता यह है कि कार्यक्रमों का भार विलकॉक्सन करता है, आपको आर का उपयोग करने की आवश्यकता नहीं है यदि इसका एक-बार परीक्षण। जाहिर है अगर यह एक पाइपलाइन (स्वचालन) का एक हिस्सा थोड़ा अलग है।