Formatando Gráficos em R

Question

Estou tentando descobrir como acessar e manipular facilmente os gráficos criados em R.

Se eu começar com os seguintes dados. Eu crio um gráfico, executo alguns agrupamentos de gráficos e, em seguida, ploto o primeiro cluster:

#libraries
 library(igraph)
 library(igraphdata)
 data(karate)

#cluster
 cfg <- cluster_fast_greedy(karate)
 plot(cfg, karate)
cfg

IGRAPH clustering fast greedy, groups: 3, mod: 0.43
+ groups:
  $`1` [1] "Actor 9" "Actor 10" "Actor 15" "Actor 16" "Actor 19" "Actor 21" "Actor 23" "Actor 24" "Actor 25" "Actor 26" "Actor 27" [12] "Actor 28" "Actor 29" "Actor 30" "Actor 31" "Actor 32" "Actor 33" "John A" $`2`
   [1] "Mr Hi"    "Actor 2"  "Actor 3"  "Actor 4"  "Actor 8"  "Actor 12" "Actor 13" "Actor 14" "Actor 18" "Actor 20" "Actor 22"
  
  $`3`
  [1] "Actor 5"  "Actor 6"  "Actor 7"  "Actor 11" "Actor 17"
  
#make a plot of the first community
 a = induced_subgraph(karate, cfg[[1]])
 plot(a)

#biggest graph https://stackoverflow.com/questions/15103744/r-igraph-how-to-find-the-largest-community
 x <- which.max(sizes(cfg))
 subg <- induced.subgraph(karate, which(membership(cfg) == x))

O usuário G5W mostrou como fazer uma tabela que contém o tamanho de cada cluster:

 my_table =  table(cfg$membership)

Também descobri como "condensar" (contrair, reduzir) todas as observações em suas comunidades correspondentes e, em seguida, fazer um gráfico.

contracted <- simplify(contract(karate,membership(cfg)))
plot(contracted)

Parece haver duas "linhas" conectando os três clusters:

Alguém sabe se esta linha "realmente significa alguma coisa"? Esta linha ocorre naturalmente? Em que base esta linha conecta esses 3 clusters?

Simulei meus próprios dados de rede, executei clustering de gráfico, contratei os resultados por cluster e criei um gráfico

library(igraph)
library(dplyr)
library(visNetwork)

set.seed(1234)

#create file from which to sample from
x5 <- sample(1:10000, 10000, replace=T)
#convert to data frame
x5 = as.data.frame(x5)

#create first file (take a random sample from the created file)
a = sample_n(x5, 9000)
#create second file (take a random sample from the created file)
b = sample_n(x5, 9000)

#combine
c = cbind(a,b)
#create dataframe
c = data.frame(c)
#rename column names
colnames(c) <- c("a","b")

#create graph
graph <- graph.data.frame(c, directed=F)
graph <- simplify(graph)
cfg <- cluster_fast_greedy(graph)

#contract clusters
contracted <- simplify(contract(graph, membership(cfg), vertex.attr.comb=toString))

#visnetwork plot
visIgraph(contracted) %>% visOptions (highlightNearest = TRUE) %>% visIgraphLayout(layout = "layout_with_fr") %>%
    visOptions(highlightNearest = TRUE, nodesIdSelection = TRUE) %>% 
    visInteraction(navigationButtons = TRUE)

#without visnetwork
plot(contracted)

Alguns clusters ainda estão conectados uns aos outros, alguns estão isolados. Alguém sabe por que isso acontece?

obrigado

Answer 1

Para obter uma tabela que contém o tamanho de cada cluster, use:

table(cfg$membership)
 1  2  3 
18 11  5 

As linhas significam que algumas pessoas no grupo 1 falam com algumas pessoas no grupo 2 e algumas pessoas no grupo 3 falam com pessoas no grupo 2, mas ninguém no grupo 1 fala com ninguém no grupo 3. Por exemplo, Sr. Olá (grupo 2) fala com o Ator 5 (grupo 1) e com o Ator 32 (grupo 3).

Seu outro exemplo não está conectado. Existem vários componentes conectados.

table(COMP$membership)
   1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11
6196    4    7    5    2    2    2    8    2    1    3

   13   14   15   16  17   18 
    2    2    2    2   2    2

Claro, no gráfico contratado, ainda não haverá links entre esses componentes.