GWAS MAC 필터 해석
Aug 19 2020
나는 GWAS 분석을 수행하고 있고 작은 대립 유전자 수 필터의 영향을 이해하려고 노력하고 있습니다. 필터를 1 %로 설정하면이 플롯이 나왔고 이상한 패턴 (많은 점)을 보여주는 ~ 3.8 정도의 동일한 -log10 pvalue에 대해 혼란 스럽습니다. 같은 값으로 한 줄에).

필터를 6 %로 늘리면 선의 점이 사라지지만 중요한 SNP도 느슨해집니다.

샘플은 약 77,000 개의 SNP 위치 (보리)이며, GWAS (모든 NaN 제거됨)에서 암시되지 않았습니다. GWAS는 200 개의 표현형 샘플로 수행되었습니다.
선의 점을 해석하는 방법은 무엇입니까?
답변
1 winni2k Aug 21 2020 at 14:21
일부 샘플에서 유전형 분석이 실패한 것 같습니다. 유전형 데이터가 품질을 위해 제어되었는지 여부는 운영팀에서 명확하지 않지만 샘플 QC를 수행하는 것이 좋습니다.
참고로, 인간 gwas에서 snps를 대치하면 중요한 snps가 인공물이 아니라는 신호로 중요한 snps 클러스터를 볼 수 있습니다. 작전에는 몇 가지 중요한 snps가 있습니다. 이것은 중요한 snps가 인공물이라는 신호일 수 있습니다. 클러스터를 형성하기 때문에 더 유망 해 보이는 snps도 있습니다.