Seta para efeitos mesoméricos na submolécula

Oct 28 2020

Quase terminei uma figura para minha tese, mas ainda há alguns problemas e com alguns não entendo o que estou fazendo de errado:

  1. Eu queria desenhar uma seta apontando da molécula CH3 vermelha de SAM para o NH da molécula g. Como você pode ver, eu poderia apontar a seta para NH, mas não começando no CH3.

EDIT: O estilo Atom em vez da caixa de escala resolveu o problema.

  1. Existe uma maneira de deixar um pequeno espaço entre a seta azul e os átomos de N e CH3?

EDIT: Resolvido com \draw[shorten <=4pt,shorten >=4pt]

  1. É possível aumentar o comprimento da seta inferior da reação sem deslocar a imagem? Ou posso apenas reduzir o comprimento da seta superior e colocar algum espaço entre as 2 moléculas?

  2. [opcional] Não sei se estou muito feliz que os nomes de SAM e SAH não estejam abaixo da molécula. LaTex faz isso sozinho por algum motivo.

  3. [opcional] Quando eu imprimo, as moléculas menores não são fáceis de ler. Existe a possibilidade de dar mais contraste? (Mas talvez seja apenas uma impressora ruim)

Eu apreciaria qualquer sugestão. Obrigado

Resultado:

Respostas

1 polyn Oct 28 2020 at 17:15

para a terceira pergunta

\arrow{-U>[{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sam}}}{SAM}][{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sah}}}{SAH}][][0.4][60]}[,4]

Atualizar

\documentclass{article}
\usepackage[showframe]{geometry}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{lipsum}

\begin{document}
    

\definesubmol{ch3}{{\color{red}C}|{\color{red}H_3}}
%\chemfig{!{ch3}} %draws red CH3 molecule of SAM

\definesubmol{sam}{*6(=N-*5(-N(>*5(-O-([-3]<-[3]S\rlap{${}^+$}(-[2,,1]@{c}!{ch3})-[-3]-[3]-[-3]C([-2]<NH_2)-[3]([2]=O)-[-3]{\llap{${}^-$}O})-(<:OH)-(<:OH)-))-=N-)=-(-NH_2)=N-)}
%\chemfig{!{sam}} %draws SAM molecule

\definesubmol{sah}{*6(=N-*5(-N(>*5(-O-([-3]<-[3]S-[-3]-[3]-[-3]C([-2]<NH_3\rlap{${}^+$})-[3]([2]=O)-[-3]{\llap{${}^-$}O})-(<:OH)-(<:OH)-))-=N-)=-(-NH_2)=N-)}
%\chemfig{!{sah}} %draws SAH molecule

\definesubmol{g}{H_{2}N-[:30]*6(=N-*5(-N(>*5(-O-(<-[4]O-[4]P(-[2]O\rlap{${}^-$})(-[4,1]{\llap{${}^-$}O})=[-2]O)-(<:O-[:0,0.8])-(<:OH)-))-=N-)=-(=O)-H@{n}N-[,,2])}
%\chemfig{!{g}} %draws g molecule

\definesubmol{m1g}{H_{2}N-[:30]*6(=N-*5(-N(>*5(-O-(<-[4]O-[4]P(-[2]O\rlap{${}^-$})(-[4,1]{\llap{${}^-$}O})=[-2]O)-(<:O-[:0,0.8])-(<:OH)-))-=N-)=-(=O)-N(-{\color{red}H_3}|{\color{red}C})-)}
%\chemfig{!{m1G}} %draws m1G molecule
   
   
\lipsum[2]

\begin{figure}[h]
    \centering
    \scalebox{0.6}{
        \schemestart[0,2.5]
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{g}}}{guanosine$^{9}$ in tRNA}
        \hspace{1.5cm}
        \arrow{-U>[{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sam}}}{SAM}][{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sah}}}{SAH}][][0.6][60]}
        \chemmove[blue,dash pattern = on 2pt off 1pt]{\draw(c.120)..  controls +(125:0.5cm) and +(90:4cm)..  (n.90);}
        \hspace{2cm}
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{m1g}}}{N$^{1}$-methylguanosine in tRNA}
        \schemestop\bigskip
    }
    \chemnameinit{}
    \caption{tRNA methylation:\lipsum[1]} \label{fig:tRNA methylation}  
\end{figure}

\clearpage

\lipsum[2]

\begin{figure}[h]
    \centering
    \scalebox{0.6}{
        \schemestart[0,2.5]
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{g}}}{guanosine$^{9}$ in tRNA}
        \hspace{0.15cm}
        \arrow{-U>[{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sam}}}{SAM}][{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sah}}}{SAH}][][0.37][60]}[,4]
        \chemmove[blue,dash pattern = on 2pt off 1pt]{\draw(c.120)..  controls +(125:0.5cm) and +(90:4cm)..  (n.90);}
        \hspace{0.65cm}
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{m1g}}}{N$^{1}$-methylguanosine in tRNA}
        \schemestop\bigskip
    }
    \chemnameinit{}
    \caption{tRNA methylation:\lipsum[1]} \label{fig:tRNA methylation2}  
\end{figure}
\end{document}