Holen Sie sich Dockerfile eines Bioconda-Pakets

Sep 16 2020

Bioconda-Paketen sind Container-Images zugeordnet. ZB bioconductor-csawhat das Bild quay.io/biocontainers/bioconductor-csaw.

Ich möchte das Bild anpassen, insbesondere möchte ich rstudio hinzufügen.

Ist es möglich, die Docker-Datei mit dem Image eines Bioconda-Pakets zu verknüpfen?

Wie schlagen Sie vor, um das Bild anzupassen?

Antworten

1 DevonRyan Sep 16 2020 at 15:59

Das Dockerfile wird von Galaxy-Utils generiert, daher bin ich mir nicht ganz sicher, wie es aussieht. Sie sollten jedoch in der Lage sein, einen solchen "Glühcontainer" zu generieren, wie hier dokumentiert . Kurz gesagt, etwas von der Form:

mulled-build build 'bioconductor-csaw=someversion--somebuildnumber' 'someotherpackage=someversion--somebuildnumber' ...

Dazu muss wahrscheinlich die Umgebungsvariable CONDA_IMAGE festgelegt werden. Bioconda setzt das derzeit auf quay.io/dpryan79/mulled_container:latest.

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