Flecha para efectos mesoméricos en submoléculas

Question

Casi termino una figura para mi tesis, pero todavía hay algunos problemas y con algunos no entiendo qué estoy haciendo mal:

1. Quería dibujar una flecha que apuntara desde la molécula roja de CH3 de SAM a la molécula de NH de g. Como puede ver, podría apuntar la flecha a NH pero no a partir de CH3.

EDITAR: El estilo Atom en lugar de la caja de escala resolvió el problema.

1. ¿Hay alguna manera de dejar un pequeño espacio entre la flecha azul y el átomo de N y CH3?

EDITAR: Resuelto con \draw[shorten <=4pt,shorten >=4pt]

1. ¿Es posible aumentar la longitud de la flecha inferior de la reacción sin cambiar la imagen? ¿O puedo simplemente reducir la longitud de la flecha superior y poner algo de espacio entre las 2 moléculas?

2. [opcional] No sé si estoy muy contento de que los nombres de SAM y SAH no estén debajo de la molécula. LaTex hace esto por sí mismo por alguna razón.

3. [opcional] Cuando lo imprimo, las moléculas más pequeñas no son fáciles de leer. ¿Existe la posibilidad de darle más contraste? (Pero tal vez sea solo una mala impresora)

Agradecería cualquier sugerencia.Gracias.

Salida:

Answer 1

para la tercera pregunta

\arrow{-U>[{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sam}}}{SAM}][{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sah}}}{SAH}][][0.4][60]}[,4]

Actualizar

\documentclass{article}
\usepackage[showframe]{geometry}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{lipsum}

\begin{document}
    

\definesubmol{ch3}{{\color{red}C}|{\color{red}H_3}}
%\chemfig{!{ch3}} %draws red CH3 molecule of SAM

\definesubmol{sam}{*6(=N-*5(-N(>*5(-O-([-3]<-[3]S\rlap{${}^+$}(-[2,,1]@{c}!{ch3})-[-3]-[3]-[-3]C([-2]<NH_2)-[3]([2]=O)-[-3]{\llap{${}^-$}O})-(<:OH)-(<:OH)-))-=N-)=-(-NH_2)=N-)}
%\chemfig{!{sam}} %draws SAM molecule

\definesubmol{sah}{*6(=N-*5(-N(>*5(-O-([-3]<-[3]S-[-3]-[3]-[-3]C([-2]<NH_3\rlap{${}^+$})-[3]([2]=O)-[-3]{\llap{${}^-$}O})-(<:OH)-(<:OH)-))-=N-)=-(-NH_2)=N-)}
%\chemfig{!{sah}} %draws SAH molecule

\definesubmol{g}{H_{2}N-[:30]*6(=N-*5(-N(>*5(-O-(<-[4]O-[4]P(-[2]O\rlap{${}^-$})(-[4,1]{\llap{${}^-$}O})=[-2]O)-(<:O-[:0,0.8])-(<:OH)-))-=N-)=-(=O)-H@{n}N-[,,2])}
%\chemfig{!{g}} %draws g molecule

\definesubmol{m1g}{H_{2}N-[:30]*6(=N-*5(-N(>*5(-O-(<-[4]O-[4]P(-[2]O\rlap{${}^-$})(-[4,1]{\llap{${}^-$}O})=[-2]O)-(<:O-[:0,0.8])-(<:OH)-))-=N-)=-(=O)-N(-{\color{red}H_3}|{\color{red}C})-)}
%\chemfig{!{m1G}} %draws m1G molecule
   
   
\lipsum[2]

\begin{figure}[h]
    \centering
    \scalebox{0.6}{
        \schemestart[0,2.5]
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{g}}}{guanosine$^{9}$ in tRNA}
        \hspace{1.5cm}
        \arrow{-U>[{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sam}}}{SAM}][{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sah}}}{SAH}][][0.6][60]}
        \chemmove[blue,dash pattern = on 2pt off 1pt]{\draw(c.120)..  controls +(125:0.5cm) and +(90:4cm)..  (n.90);}
        \hspace{2cm}
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{m1g}}}{N$^{1}$-methylguanosine in tRNA}
        \schemestop\bigskip
    }
    \chemnameinit{}
    \caption{tRNA methylation:\lipsum[1]} \label{fig:tRNA methylation}  
\end{figure}

\clearpage

\lipsum[2]

\begin{figure}[h]
    \centering
    \scalebox{0.6}{
        \schemestart[0,2.5]
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{g}}}{guanosine$^{9}$ in tRNA}
        \hspace{0.15cm}
        \arrow{-U>[{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sam}}}{SAM}][{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sah}}}{SAH}][][0.37][60]}[,4]
        \chemmove[blue,dash pattern = on 2pt off 1pt]{\draw(c.120)..  controls +(125:0.5cm) and +(90:4cm)..  (n.90);}
        \hspace{0.65cm}
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{m1g}}}{N$^{1}$-methylguanosine in tRNA}
        \schemestop\bigskip
    }
    \chemnameinit{}
    \caption{tRNA methylation:\lipsum[1]} \label{fig:tRNA methylation2}  
\end{figure}
\end{document}