DESeq2 PCA पर विभिन्न geom_point आकृतियों के लिए काली रूपरेखा जोड़ें

Question

मैं DESeq2 पैकेज के साथ एक पीसीए चला रहा हूं और आकृतियों पर एक काली रूपरेखा प्राप्त करना चाहता हूं जो पहले से ही एक अवलोकन पर आधारित हैं। गोल वाले काम करते हैं, लेकिन अन्य आकार नहीं करते हैं।

ऐसे उदाहरण बनाएं जैसे stat_ellipse {ggplot2} रूपरेखा geom_point रंग भरें या बिंदुओं के चारों ओर एक बॉर्डर रखें , डेटा को केवल एक आकार के रूप में प्लॉट किया गया है।

यह एक प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य उदाहरण देना मुश्किल है क्योंकि यह पहले एक बड़े डेटासेट पर एक पीसीए का प्रदर्शन कर चुका है, लेकिन यह वही है जो मैंने निम्नलिखित चलाया है:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  
geom_point(aes(PC1, PC2, color = dFe, shape = location), shape= 21, colour="black", size= 5)

मेरा मानना ​​है कि कुंजी उस नई परत की कोडिंग पर है geom_point

चल रहा है scale_fill_manual I get the following

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  scale_shape_manual(values=c(21,22,23))

Answer 1

जैसा कि मेरी टिप्पणी में वर्णित है, उपयोग करें scale_shape_manual, और एक fillसौंदर्य प्रदान करें :

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, fill = dFe, shape = location)) +
    geom_point(color = 'black', size = 5) +
    scale_shape_manual(values = c(21L, 22L, 23L))

Answer 2

ये कोशिश करें:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, shape = location))+   
  geom_point(size=7) + 
  geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location), size=5)