Como calcular o RMSD com o GLIDE?

Question

Preciso calcular o RMSD entre um ligante cocristalizado e meus ligantes e um ligante não cocristalizado com GLIDE, mas não sei como. Alguém poderia me explicar como fazer? Muito obrigado antecipadamente.

Answer 1

O software GLIDE não é usado para cálculo de RMSD. O GLIDE é dedicado a fazer docking ligante/proteína pequena (rígida/rígida e flexível/rígida).

Você pode calcular o RMSD manualmente, usando as interfaces MAESTRO, CHIMERA e VMD (todas gratuitas para acadêmicos) entre muitos outros softwares (também gratuitos).