Construir supercélula VESTA com dois domínios

Question

Eu gostaria de construir uma supercélula com vesta.

Como ponto de partida tenho uma célula unitária com polarização, usei-a como minha primeira estrutura em Vesta.

Arquivo -> Nova Estrutura -> Importar

A supercélula deve consistir em duas células unitárias do mesmo tipo. A segunda célula unitária deve ser deslocada e girada 90 °. Assim, terei dois domínios com polarização diferente. Eu tentei isso com

Fase -> Importar

Eu defini o primeiro elemento do sistema de coordenadas global para o comprimento da célula unitária para mudar a segunda estrutura, eu apaguei todos os átomos duplicados. Mas como posso girar a segunda estrutura e como posso mesclar essas duas em uma supercélula?

Alguém tem experiências com VESTA?

Muito obrigado por qualquer ajuda.

Answer 1

Eu quero girar a segunda estrutura $\theta=90^{\circ}$sobre o eixo x. A matriz de rotação é dada como

$$R_x(90^{\circ})=\begin{pmatrix}1&0&0\\0&0&-1\\0&1&0\end{pmatrix}.$$

Inicie uma nova janela Vesta:

New Structure-> Structure parameters->Import

Importe sua primeira célula de unidade de estrutura / origem. Talvez seja necessário primeiro deslocar a célula, de modo que o átomo principal seja colocado na origem (editar Unit cell-> Transform-> Origin shift p).

Em seguida, adicione a segunda estrutura: Phase->Import

• É preciso mudar a segunda estrutura, escolher a segunda fase e editar, Global coordinate systempor exemplo, x = comprimento da célula unitária.
• Vá para Unit cell, verifique se a segunda fase foi escolhida, vá para Transform, insira a matriz de rotação (por exemplo$R_x(90)$)
• Structure parameters-> Remove duplicate atoms. Uma vez que os átomos de limites periódicos foram contados duas vezes, também se pode diminuir os limites de$1 \to 0.99$ ou a maneira mais fácil apenas deletar posteriormente os átomos redundantes (no plano de interseção) em seu arquivo de saída xyz.
• Exclua as ligações ( Ctrl - B-> clique nas ligações e Delete) para que tenhamos apenas as posições dos átomos como entrada para a supercélula.

Agora temos duas células unitárias com polarização diferente. Podemos salvá-lo e usá-lo para cálculos adicionais como o básico para a supercélula.