erro de argumento sem caractere do sub Perl, mas funciona em R
Eu tenho um script R trivial que funciona bem:
library(gplots)
A <- c("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog")
B <- c("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat")
png('tmp.png')
venn(list(A=A,B=B))
e estou tentando escrever uma sub-rotina perl que fará a ação acima em R usando o pacote Statistics :: R:
#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings FATAL => 'all';
use feature 'say';
use autodie ':all';
use Carp 'confess';
use Statistics::R;
my @t1 = ("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog");
my @t2 = ("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat");
my %data = (
A => [@t1],
B => [@t2]
);
sub venn {
my ($args) = @_; unless (defined $args->{output_filestem}) {
confess "venn diagram needs an output filename"
}
if (scalar keys %{ $args->{data} } < 2) { printf("There are %u keys in data.\n", scalar keys %{ $args->{data} });
confess 'There must be >= 2 keys in data.';
}
my $R = Statistics::R->new(); foreach my $key (keys %{ $args->{data} }) { $R -> set("$key", $args->{data}{key});
}
say __LINE__;
if (defined $args->{output_type}) { $R -> run(`$args->{output_type}('$args->{output_stem}.$args->{output_type}')`); } else { # output EPS file is default $args->{output_type} = 'eps';
$R -> run( q`setEPS()`, qq`postscript('$args->{output_filestem}.eps')`,
);
}
my @venn;
foreach my $key (sort keys %{ $args->{data} }) {
push @venn, "$key=$key"
}
my $venn_cmd = 'venn(list(' . join (', ', @venn) . '))'; say $venn_cmd;
$R -> run(q`library(gplots)`); $R -> run(qq`$venn_cmd`); say "wrote $args->{output_filename}";
return $args->{output_filename}
}
venn({
data => \%data,
output_filestem => 'venn'
});
mas a execução deste script Perl produz um erro:
venn(list(A=A, B=B))
Error:
strsplit(names(map), character(0), fixed = TRUE) :
non-character argument
Calls: venn -> vennMembers -> do.call -> strsplit
Execution halted
Command exited with non-zero status 29
Algo semelhante está em Argumento sem caracteres na função de divisão de string R (strsplit), mas não vejo como aplicar o que está lá ao meu caso.
Talvez seja algum erro em Statistics :: R? A entrada do sub Perl deve ser idêntica ao script R.
e não tenho ideia do que causa isso, porque os comandos R que estou usando são idênticos ao script R funcional.
Por que o sub Perl falha, mesmo quando faz exatamente o mesmo que o script R?
Respostas
Sigilo ausente:
$R -> set("$key", $args->{data}{key});
deveria estar
$R -> set("$key", $args->{data}{$key});
# ^
Caso contrário, o A e B são preenchidos, o undef
que leva ao erro.
BTW, "$key"
é o mesmo que $key
. Não há necessidade de aspas duplas em uma variável.