Pfeil für mesomere Effekte im Submolekül

Question

Ich habe fast eine Figur für meine Diplomarbeit fertiggestellt, aber es gibt noch einige Probleme und bei einigen verstehe ich nicht, was ich falsch mache:

1. Ich wollte einen Pfeil zeichnen, der vom roten CH3-Molekül von SAM zum NH von g-Molekül zeigt. Wie Sie sehen können, könnte ich den Pfeil auf NH richten, aber nicht ab CH3.

BEARBEITEN: Atom-Stil anstelle von Skalierungsbox löste das Problem.

1. Gibt es eine Möglichkeit, zwischen dem blauen Pfeil und dem N- und CH3-Atom etwas Platz zu lassen?

EDIT: Gelöst mit \draw[shorten <=4pt,shorten >=4pt]

1. Ist es möglich, die Länge des unteren Pfeils der Reaktion zu erhöhen, ohne das Bild zu verschieben? Oder kann ich einfach die Länge des oberen Pfeils verringern und etwas Platz zwischen die beiden Moleküle setzen?

2. [optional] Ich weiß nicht, ob ich zu glücklich bin, dass die Namen von SAM und SAH nicht unter dem Molekül liegen. LaTex macht dies aus irgendeinem Grund von selbst.

3. [optional] Wenn ich es ausdrucke, sind die kleineren Moleküle nicht leicht zu lesen. Gibt es eine Möglichkeit, es kontrastreicher zu machen? (Aber vielleicht ist es nur ein schlechter Drucker)

Ich würde mich über Vorschläge freuen. Danke

Ausgabe:

Answer 1

für die dritte Frage

\arrow{-U>[{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sam}}}{SAM}][{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sah}}}{SAH}][][0.4][60]}[,4]

Aktualisieren

\documentclass{article}
\usepackage[showframe]{geometry}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{lipsum}

\begin{document}
    

\definesubmol{ch3}{{\color{red}C}|{\color{red}H_3}}
%\chemfig{!{ch3}} %draws red CH3 molecule of SAM

\definesubmol{sam}{*6(=N-*5(-N(>*5(-O-([-3]<-[3]S\rlap{${}^+$}(-[2,,1]@{c}!{ch3})-[-3]-[3]-[-3]C([-2]<NH_2)-[3]([2]=O)-[-3]{\llap{${}^-$}O})-(<:OH)-(<:OH)-))-=N-)=-(-NH_2)=N-)}
%\chemfig{!{sam}} %draws SAM molecule

\definesubmol{sah}{*6(=N-*5(-N(>*5(-O-([-3]<-[3]S-[-3]-[3]-[-3]C([-2]<NH_3\rlap{${}^+$})-[3]([2]=O)-[-3]{\llap{${}^-$}O})-(<:OH)-(<:OH)-))-=N-)=-(-NH_2)=N-)}
%\chemfig{!{sah}} %draws SAH molecule

\definesubmol{g}{H_{2}N-[:30]*6(=N-*5(-N(>*5(-O-(<-[4]O-[4]P(-[2]O\rlap{${}^-$})(-[4,1]{\llap{${}^-$}O})=[-2]O)-(<:O-[:0,0.8])-(<:OH)-))-=N-)=-(=O)-H@{n}N-[,,2])}
%\chemfig{!{g}} %draws g molecule

\definesubmol{m1g}{H_{2}N-[:30]*6(=N-*5(-N(>*5(-O-(<-[4]O-[4]P(-[2]O\rlap{${}^-$})(-[4,1]{\llap{${}^-$}O})=[-2]O)-(<:O-[:0,0.8])-(<:OH)-))-=N-)=-(=O)-N(-{\color{red}H_3}|{\color{red}C})-)}
%\chemfig{!{m1G}} %draws m1G molecule
   
   
\lipsum[2]

\begin{figure}[h]
    \centering
    \scalebox{0.6}{
        \schemestart[0,2.5]
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{g}}}{guanosine$^{9}$ in tRNA}
        \hspace{1.5cm}
        \arrow{-U>[{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sam}}}{SAM}][{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sah}}}{SAH}][][0.6][60]}
        \chemmove[blue,dash pattern = on 2pt off 1pt]{\draw(c.120)..  controls +(125:0.5cm) and +(90:4cm)..  (n.90);}
        \hspace{2cm}
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{m1g}}}{N$^{1}$-methylguanosine in tRNA}
        \schemestop\bigskip
    }
    \chemnameinit{}
    \caption{tRNA methylation:\lipsum[1]} \label{fig:tRNA methylation}  
\end{figure}

\clearpage

\lipsum[2]

\begin{figure}[h]
    \centering
    \scalebox{0.6}{
        \schemestart[0,2.5]
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{g}}}{guanosine$^{9}$ in tRNA}
        \hspace{0.15cm}
        \arrow{-U>[{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sam}}}{SAM}][{\chemfig[atom style={scale=0.5}]{!{sah}}}{SAH}][][0.37][60]}[,4]
        \chemmove[blue,dash pattern = on 2pt off 1pt]{\draw(c.120)..  controls +(125:0.5cm) and +(90:4cm)..  (n.90);}
        \hspace{0.65cm}
        \chemname{\chemfig[atom style={scale=0.8}]{!{m1g}}}{N$^{1}$-methylguanosine in tRNA}
        \schemestop\bigskip
    }
    \chemnameinit{}
    \caption{tRNA methylation:\lipsum[1]} \label{fig:tRNA methylation2}  
\end{figure}
\end{document}