वांछित आउटपुट कैसे प्राप्त करें?
Nov 24 2020
मैं निम्नलिखित आदेश का उपयोग कर एक परियोजना पर काम कर रहा हूँ nano
:
from Bio import SeqIO
import sys
import re
fasta_file = (sys.argv[1])
for myfile in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"):
if len(myfile) > 250:
gene_id = myfile.id
mylist = re.match(r"H149xcV_\w+_\w+_\w+", gene_id)
print (">"+mylist.group(0)) # edited from list to mylist
और निम्नलिखित आउटआउट के साथ प्रदान करना:
>H149xcV_Fge342_r3_h2_d1
>H149xcV_bTr423_r3_h2_d1
>H149xcV_kN893_r3_h2_d1
>H149xcV_DNp021_r3_h2_d1
>H149xcV_JEP3324_r3_h2_d1
>H149xcV_SRt424234_r3_h2_d1
मैं अपनी कमांड कैसे बदल सकता हूं ताकि यह मुझे वांछित प्रारूप और केवल UNIQUE जीन आईडी प्रदान करे:
>H149xcV_Fge342_r3_h2
>H149xcV_bTr423_r3_h2
>H149xcV_kN893_r3_h2
>H149xcV_DNp021_r3_h2
>H149xcV_JEP3324_r3_h2
>H149xcV_SRt424234_r3_h2
जवाब
2 M__ Nov 24 2020 at 05:18
इसकी आसान जगह match
है sub
लेकिन कृपया list
एक चर के रूप में उपयोग करना बंद कर दें ... mylist ठीक है
यह काम कर सकता है
mylist = re.sub(r'H149xcV_\w+_\w+_\w+', gene_id)
अन्यथा
myregex = re.compile('_\w+\s+.*')
fastaid = myregex.sub('', myfile)
या @MaximilianPress से
myregex2 = re.compile('_\w+\n') # or myregex2 = re.compile('_\w+$')
fastaid2 = myregex.sub('\n', myfile) # or fasaid2 = myregex.sub('', myfile)
ऊपर काम होगा ... मेरे सभी कोड के साथ मैं इसे कभी सबूत नहीं देता हूं।
pippo1980 Dec 16 2020 at 16:37
from Bio import SeqIO
import sys
import re
unique = []
fasta_file = (sys.argv[1])
for myfile in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"):
if len(myfile) > 250:
gene_id = myfile.id
if gene.id not in unique:
unique.append(gene.id)
mylist = re.match(r"H149xcV_\w+_\w+_\w+", gene_id)
print (">"+mylist.group(0))
मुझे पता है कि अगर यह काम करता है तो मैं भी सीख रहा हूं