r Fórmula de modelo misto - ajuda! (editado)

Question

Estou lutando para definir minha fórmula de modelo misto e adoraria alguma ajuda. Este é um dado de expressão gênica em que desejo ver se cada gene pode prever a resposta - e estou comparando o modelo misto e o modelo linear, para ver se a remoção do efeito da variável Cluster altera o resultado.

Minha variável dependente é Resposta - é uma variável contínua. Meus preditores são:

• Expressão gênica (contínua)
• Participant.ID (personagem) - 52 indivíduos
• Ponto de tempo (contínuo) - Embora esta seja uma variável contínua, os valores são -7,0,1,7 ou 70. Tenho entre 3-5 pontos de tempo por assunto. A razão pela qual escolhi fazer isso contínuo e não um fator é porque descreve o tempo.
• Variável de cluster (fator) - uma variável que descreve uma certa característica de um indivíduo. Pode ser uma das 3 opções.

Usei uma fórmula em lme4: Response ~ gene + TimePoint + Subject + (1|Random)

mas sinto que isso pode estar errado, visto que cada assunto tem vários pontos no tempo, então talvez eu deva aninhar "ponto no tempo do estudo" sob "assunto" (?) Gostaria de receber alguma informação

Edit: depois de alguma leitura, talvez eu precise remover o ponto de tempo do estudo porque não tem nenhum significado entre os indivíduos? Tentei a seguinte fórmula:

Response ~ gene + (1|Cluster) + (1|Cluster:Participant.ID) mas obteve o seguinte erro: Error in eval_f(x, ...) : Downdated VtV is not positive definite

Também tentei esta fórmula:

Response ~ gene + (1|Cluster:Participant.ID)e este: Response ~ gene + (1|Cluster) + (1|Participant.ID)mas obteve este erro:Warning message: In optwrap(optimizer, devfun, getStart(start, rho$pp), lower = rho$lower, : convergence code -4 from nloptwrap

Answer 1

Da descrição atualizada:

• você repetiu medidas dentro Subjecte você tem 52 assuntos. Não faz sentido enquadrar isso como um efeito fixo. Deve ser uma variável de agrupamento na estrutura aleatória.

• Randomé "uma variável que descreve uma determinada característica de um indivíduo. Pode ser uma de 3 opções". Como tal, não faz sentido ter isso como uma variável de agrupamento na estrutura aleatória. Deve ser um efeito fixo.

• Não consigo ver nenhuma razão para TimePointestar aninhado dentroSubject

Portanto, um modelo apropriado seria:

Response ~ gene + TimePoint + Random + (1 | Subject)

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Editar, agora que o OP foi alterado de forma que Randomfoi renomeado para Clustere Subjectfoi renomeado paraParticipant.ID

O modelo apropriado seria:

Response ~ gene + TimePoint + Cluster + (1 | Participant.ID)