Alanin-Dipeptid-Trajektorien-Datensatz

Question

Ich suchte nach einem Datensatz von Alanin-Dipeptid-Trajektorien. Ich habe mich gefragt, ob ein solcher Datensatz verfügbar ist oder ob es unwahrscheinlich ist, dass ich einen finden werde, und ich sollte selbst mit molekulardynamischen Simulationen beginnen. Wenn ja, welche Software wäre für einen Anfänger einfacher zu handhaben?

Answer 1

Es gibt viele Sätze, je nach Kraftfeld oder Methode (z. B. semiempirisch, Quanten usw.), explizites oder implizites Lösungsmittel usw., aber wenn Sie anfangen, ist Alanindipeptid eines der Amber-Tutorials, das die Vergleichsproduktion umfasst Läufe und Analysen, die von der Seite verlinkt sind:

http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial0/

Answer 2

Dieser Link enthält drei unabhängige Simulationen aus den folgenden Artikeln:

• F. Nüske, et al: Markov State Models from short non-equilibrium simulations - Analysis and Correction of Estimation Bias, J. Chem. 1999, 1997-1999. Phys. 146 (2017), 094104.
• C. Wehmeyer und F. Noé: Zeitverzögerte Autoencoder: Deep Learning of Slow Collective Variables for Molecular Kinetics, J. Chem. Phys. 148 (2018), 241703.