Wie behebe ich das Problem im awk-Skript?

Question

Ich habe den folgenden Datensatz mit bcftools erhalten;

$ bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf 

CHROM POS REF ALT AN AC 

6 85406127 T A 6 2
6 85406180 T G 6 5
6 85406187 T G 6 1
-
-
-
6 85434019 T A 0 0
6 85434075 A C 0 0

Die gewünschte Ausgabe wird durch den folgenden Befehl erhalten:

bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf | awk '$5 !=0' | awk '{printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5}' 

6:85406127 T:A 0.333333
6:85406139 T:C 0.000000
6:85406180 T:G 0.833333

Im Datensatz enthält es Nullen in der 5. und 6. Spalte. 0 geteilt durch 0 führt also zu einem tödlichen Ergebnis : Division durch Null versucht . Deshalb möchte ich NAs in der dritten Spalte der Ausgabe sehen.

6:85406127 T:A 0.333333
6:85406139 T:C NA
6:85406180 T:G 0.833333

Mein Versuch, die Ausgabe zu erhalten, wurde unten gezeigt:

bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf | awk '{ if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
'{printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5}'
else
'{printf "%s:%s %s:%s %b\n", $1, $2, $3, $4, 'NA'}'
}'

Aber ich habe dieses Ergebnis erhalten:

awk: cmd. line:1: { if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
awk: cmd. line:1:      ^ syntax error
awk: cmd. line:1: { if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
awk: cmd. line:2: {printf
awk: cmd. line:2:        ^ unexpected newline or end of string

Wie kann ich dieses Problem beheben?

Jeder Beitrag ist willkommen!

Answer 1

Du warst fast da. Verwenden Sie diese awk:

awk '{ if ($5!= 0 && $6!= 0) {printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5} else {printf "%s:%s %s:%s NA\n", $1, $2, $3, $4} }'

Die 'NA'-Zeichenfolge ist Teil der printfZeichenfolge selbst. Auch setzen Sie nicht das { *statemet* }Innere'

Mischen Sie auch keine bashBerechnungen ( [[ ]]) innerhalb von AWK.

Sie können eine schnelle Überprüfung der AWK Grammatik hier

Answer 2

Alles was Sie brauchen ist ein ternärer Ausdruck:

bcf... | awk 'NR>1{printf "%s:%s %s:%s %s\n", $1, $2, $3, $4, ($5 ? $6/$5 : "NA")}'

Es spielt keine Rolle, ob dies der Fall $6ist 0oder nicht, da Sie sich nicht dadurch teilen.

Schauen Sie (mit cat fileanstelle Ihres bcf...Befehls, den ich nicht habe):

$ cat file CHROM POS REF ALT AN AC 6 85406127 T A 6 2 6 85406180 T G 6 5 6 85406187 T G 6 1 6 85434019 T A 0 0 6 85434075 A C 0 0 $ cat file | awk 'NR>1{printf "%s:%s %s:%s %s\n", $1, $2, $3, $4, ($5 ? $6/$5 : "NA")}'
6:85406127 T:A 0.333333
6:85406180 T:G 0.833333
6:85406187 T:G 0.166667
6:85434019 T:A NA
6:85434075 A:C NA