Usando StartupWMClass para aplicativos executados em um terminal
Em 18.04 eu tinha um inicializador no Dash para executar um aplicativo em um terminal com o Dash mostrando um ponto indicador para o inicializador quando ele estava em execução, em vez de um indicador para o inicializador de terminal genérico (desta forma, consegui encontrar outras janelas do terminal estão abertas). Consegui usar a opção --class na entrada Exec junto com StartupWMClass para fazer isso.
No 20.04 o launcher não funciona porque um terminal é aberto, o aplicativo tenta iniciar e o terminal fecha. Eu pesquisei isso e há alguma conversa sobre a opção --class que está sendo depreciada. Se eu excluir a opção --class, o iniciador funciona, mas o ponto indicador é anexado ao iniciador de terminal genérico.
Aqui está o arquivo .desktop antes de excluir a opção --class
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=true
Encoding=UTF-8
StartupNotify=true
Icon[en_US]=sage-terminal
Icon=sage-terminal
Exec=/home/rquint/Sage/SageMath/sage --class=SageTerminal
StartupWMClass=SageTerminal
Name=SageTerminal
Name[en_US]=SageTerminal
Actions=SageDocumentation;
[Desktop Action SageDocumentation]
Name=Sage Documentation
Exec=firefox /home/rquint/Sage/SageMath/local/share/doc/sage/html/en/index.html
Respostas
Esta não é uma solução perfeita, mas por enquanto funciona. Procurando no Google, encontrei o seguinte
https://itectec.com/ubuntu/ubuntu-how-to-make-a-custom-launcher-for-terminal-applications/
que mostra como iniciar um aplicativo em um terminal, embora o inicializador use Terminal = false. Em essência, você está iniciando um emulador de terminal que executa o aplicativo. Existem duas pegadinhas possíveis com este método. Primeiro, ele chama especificamente um emulador de terminal específico; segundo, a opção --class é depreciada e pode não funcionar no futuro.
Então, por enquanto (Ubuntu 20.04.1 e Gnome 3.36.3), substituí as linhas
Terminal=true
Exec=/home/rquint/Sage/SageMath/sage --class=SageTerminal
 
     com
Terminal=false
Exec=gnome-terminal --class=SageTerminal -e /home/rquint/Sage/SageMath/sage
 
     e ter o comportamento que desejei.