GWAS MAC Filter Interpretation

Question

Ich führe eine GWAS-Analyse durch und versuche, den Einfluss des Filters für die geringe Allelzahl zu verstehen. Wenn ich den Filter auf 1% setze, habe ich diese Darstellung erhalten, und ich bin verwirrt über die gleichen -log10-Werte um ~ 3,8, die ein seltsames Muster zeigen (viele Punkte) in einer Zeile mit demselben Wert).

Wenn ich den Filter auf 6% erhöhe, verschwinden die Punkte in einer Linie, aber ich verliere auch einige signifikante SNPs:

Die Probe besteht aus etwa 77000 SNP-Positionen (Gerste), die nicht von GWAS stammen (alle NaNs wurden entfernt). GWAS wurde mit 200 Phänotypproben durchgeführt.

Wie interpretiere ich die Punkte in einer Linie?

Answer 1

Dies scheint für einige Proben fehlgeschlagen zu sein. Aus der Operation ist nicht ersichtlich, ob die Genotypisierungsdaten auf Qualität kontrolliert wurden, aber ich würde empfehlen, eine Proben-QC durchzuführen.

Nebenbei bemerkt: In menschlichen Gwas mit unterstellten Snps würde ich erwarten, Cluster von signifikanten Snps als Zeichen dafür zu sehen, dass die signifikanten Snps kein Artefakt sind. In der Operation gibt es einige einzelne signifikante Snps. Dies könnte ein Zeichen dafür sein, dass diese signifikanten Snps Artefakte sind. Es gibt auch einige Snps, die Cluster bilden und daher vielversprechender aussehen.