Nicht-Zeichen-Argumentfehler vom Perl-Sub, funktioniert aber in R.

Jan 06 2021

Ich habe ein triviales R-Skript, das gut funktioniert:

library(gplots)
A <- c("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog")
B <- c("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat")

png('tmp.png')
venn(list(A=A,B=B))

und versuche, eine Perl-Subroutine zu schreiben, die die obige Aktion in R mit dem Statistics :: R-Paket ausführt:

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings FATAL => 'all';
use feature 'say';
use autodie ':all';
use Carp 'confess';
use Statistics::R;

my @t1 = ("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog");
my @t2 = ("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat");
my %data = (
    A => [@t1],
    B => [@t2]
);
sub venn {
    my ($args) = @_; unless (defined $args->{output_filestem}) {
        confess "venn diagram needs an output filename" 
    }
    if (scalar keys %{ $args->{data} } < 2) { printf("There are %u keys in data.\n", scalar keys %{ $args->{data} });
        confess 'There must be >= 2 keys in data.';
    }
    my $R = Statistics::R->new(); foreach my $key (keys %{ $args->{data} }) { $R -> set("$key", $args->{data}{key});
    }
    say __LINE__;
    if (defined $args->{output_type}) { $R -> run(`$args->{output_type}('$args->{output_stem}.$args->{output_type}')`); } else { # output EPS file is default $args->{output_type} = 'eps';
        $R -> run( q`setEPS()`, qq`postscript('$args->{output_filestem}.eps')`,
        );
    }
    my @venn;
    foreach my $key (sort keys %{ $args->{data} }) {
        push @venn, "$key=$key"
    }
    my $venn_cmd = 'venn(list(' . join (', ', @venn) . '))'; say $venn_cmd;
    $R -> run(q`library(gplots)`); $R -> run(qq`$venn_cmd`); say "wrote $args->{output_filename}";
    return $args->{output_filename}
}

venn({
    data => \%data,
    output_filestem => 'venn'
});

Das Ausführen dieses Perl-Skripts führt jedoch zu einem Fehler:

venn(list(A=A, B=B))

Error:
strsplit(names(map), character(0), fixed = TRUE) : 
  non-character argument
Calls: venn -> vennMembers -> do.call -> strsplit
Execution halted
Command exited with non-zero status 29

Ähnliches gilt für das Argument Nicht-Zeichen in der R-String-Split-Funktion (strsplit), aber ich sehe nicht, wie ich das, was da ist, auf meinen Fall anwenden soll.

Vielleicht ist dies ein Fehler in Statistics :: R? Die Eingabe des Perl-Sub sollte mit dem R-Skript identisch sein.

und ich habe keine Ahnung, was dies verursacht, da die von mir verwendeten R-Befehle mit dem funktionierenden R-Skript identisch sind.

Warum schlägt das Perl-Sub fehl, auch wenn es genau das gleiche tut wie das R-Skript?

Antworten

4 choroba Jan 06 2021 at 03:49

Fehlendes Siegel:

$R -> set("$key", $args->{data}{key});

sollte sein

$R -> set("$key", $args->{data}{$key});
#                               ^

Andernfalls werden A und B gefüllt, undefwas zu dem Fehler führt.

Übrigens "$key"ist das gleiche wie $key. Es ist nicht erforderlich, eine Variable doppelt zu zitieren.