डॉकिंग स्कोर कटऑफ कैसे चुनें?

Question

मैंने एक बड़े डेटाबेस (~ 5M) की वर्चुअल स्क्रीनिंग की और आगे की सटीक स्क्रीनिंग (श्रोडिंगर एचटीवीएस से एसपी संकल्प तक) के लिए लिगैंड संरचनाओं को फ़िल्टर करना चाहता हूं। मेरा अगला कदम कटऑफ डॉकिंग स्कोर को परिभाषित करना है, लेकिन यह एक को चुनने के लिए मनमाना लगता है। वहाँ बाहर ligands छानने के लिए कोई स्थापित तरीके हैं?

Answer 1

यह पूरी तरह से मनमाना है और आपके संसाधनों पर निर्भर करता है।

हम सभी सहमत हो सकते हैं कि आपका कटऑफ साइलो विश्लेषण में फॉलोअप की तुलना में ऑर्डरिंग चरण के दौरान बहुत कम होगा , लेकिन फिर भी यदि आप शीर्ष एन पर ऑर्डर कर रहे थे$100-250 each, should you spend \$1,000 या $ 10,000?

में सिलिको कदम आप इस कॉल भी blurrier बनाने में कारक के लिए वास्तविक समय और सीपीयू समय है।

लेकिन उन अंकों को संदर्भ में रखने के लिए कुछ चीजें हैं:

• इकाइयाँ kcal / mol होती हैं , अर्थात ये बाध्यकारी के bindingG की भविष्यवाणी की जाती हैं। यहाँ एक स्पष्टीकरण है कि डॉकिंग के लिए एक kcal / mol का क्या अर्थ है - 1 kcal / mol एक हाइड्रोजन बॉन्ड या 37 डिग्री सेल्सियस पर पानी की औसत टक्कर ऊर्जा है।
• यदि आपके पास एक ज्ञात लिगैंड के साथ एक क्रिस्टल संरचना है, तो री-डॉकिंग और क्रॉस-डॉकिंग है जो आपको एक बेंचमार्क देगा, जिसकी आपको उम्मीद करनी चाहिए — मेरे दिमाग में यह सोचकर कि प्राकृतिक लिगैंड भयावह है और लिपिंस्की के नियम को नहीं मानते हैं। प्राकृतिक लिगैंड भटक जाएगा और यह आकलन करने के लिए कि डॉकिंग कितना अच्छा आरएमएसडी का उपयोग किया जाता है, लेकिन इसके लिए मेरा मतलब है कि इसके ग्लाइडकोर को देखकर ऐसा लगता है जैसे यह कोई अन्य यौगिक था।
• एक अलग उपकरण के साथ Rescore -Gold आदि।

लिगंड दक्षता

याद रखने वाली एक महत्वपूर्ण बात यह है कि isG आकार पर निर्भर है-विशाल पेप्टिडोमिमेटिक एक छोटे अणु से अधिक स्कोर करेगा जो हॉटस्पॉट को पूरी तरह से हिट करता है। इसलिए, लिगंड दक्षता (LE), भारी परमाणुओं पर lG ( यहां विस्तार से समीक्षा की गई ) विशाल अणुओं को सहज रूप से हावी होने से रोकने के लिए एक अच्छा मीट्रिक है। यदि आपकी लाइब्रेरी में विभिन्न आकार हैं, तो अकेले hasG की तुलना में LE को क्रमबद्ध करना सबसे अच्छा है। वास्तव में, यदि आप कुछ छोटे हिट प्राप्त करते हैं, तो आप उन्हें मर्ज कर सकते हैं / लिंक कर सकते हैं या उन पर विस्तार कर सकते हैं, जबकि यदि आपको कुछ नहीं मिलता है क्योंकि आप बड़े हिट पर जुआ खेलते हैं तो आपको वर्ग एक से शुरू करना होगा। मैं तर्क दूंगा कि यह स्क्रीन को फिर से तैयार करने के लिए सच है और उत्साह के बावजूद वीएलएस को फिर से लाने की कम सफलता इस वजह से है।