R: grafik plot (ggplot vs autoplot)

Question

Saya mengikuti tutorial R di sini https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/

Komputer yang saya gunakan untuk bekerja tidak memiliki akses internet atau port USB - hanya memiliki R dengan beberapa perpustakaan yang sudah diinstal sebelumnya. Tutorialnya membutuhkan "survival", "ggplot2", "ranger", "dplyr" dan "ggfortify". Komputer yang saya gunakan untuk bekerja memiliki semua perpustakaan ini KECUALI ggfortfiy. Tampaknya, fungsi yang disebut "autoplot" diperlukan dari pustaka ggfortify untuk membuat beberapa plot dalam tutorial ini.

Ketika saya mencoba menjalankan kode dari tutorial:

#load libraries
library(survival)
library(ranger)
library(ggplot2)
library(dplyr)

#load data
data(veteran)
head(veteran)

# Kaplan Meier Survival Curve
km <- with(veteran, Surv(time, status))
km_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data=veteran)

#plot(km_fit, xlab="Days", main = 'Kaplan Meyer Plot') #base graphics is always ready


#here is where the error is 
autoplot(km_fit)

Saya mendapatkan kesalahan berikut: Error: Objects of type survfit not supported by autoplot.

Apakah ada yang tahu cara memperbaikinya? Apakah mungkin membuat plot serupa tanpa perpustakaan ggfortify? Bisakah itu dibuat dengan ggplot2?

Di komputer pribadi saya, saya dapat membuat plot ini setelah saya menginstal pustaka ggfortify.

(catatan: Saya juga tidak memiliki perpustakaan "survminer")

Terima kasih

Answer 1

Ya, ini dimungkinkan, karena autoplotfungsinya menggunakan di ggplot2bawah kap:

tibble(time = km_fit$time, surv = km_fit$surv, 
       min = km_fit$lower, max = km_fit$upper) %>% 
  ggplot(aes(x = time)) +
  geom_line(aes(y = surv)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)