r Fórmula de modelo mixto - ¡ayuda! (editado)

Question

Estoy luchando para definir mi fórmula de modelo mixto y me encantaría recibir ayuda. Estos son datos de expresión génica en los que quiero ver si cada gen puede predecir la Respuesta, y estoy comparando el modelo mixto y el modelo lineal, para ver si eliminar el efecto de la variable Cluster cambia el resultado.

Mi variable dependiente es Respuesta, es una variable continua. Mis predictores son:

• Expresión genética (continua)
• Participant.ID (personaje) - 52 personas
• Punto de tiempo (continuo): aunque se trata de una variable continua, los valores son -7, 0, 1, 7 o 70. Tengo entre 3 a 5 puntos de tiempo por sujeto. La razón por la que elegí hacer esto continuo y no un factor es porque describe el tiempo.
• Variable de conglomerado (factor): una variable que describe una determinada característica de un individuo. Puede ser una de las 3 opciones.

Usé una fórmula en lme4: Response ~ gene + TimePoint + Subject + (1|Random)

pero creo que esto puede estar mal dado que cada tema tiene varios puntos de tiempo, por lo que tal vez debería anidar "punto de tiempo de estudio" debajo de "tema" (?)

Editar: después de leer un poco, tal vez deba eliminar el punto de tiempo de estudio porque no tiene ningún significado para las personas. Probé la siguiente fórmula:

Response ~ gene + (1|Cluster) + (1|Cluster:Participant.ID) pero obtuve el siguiente error: Error in eval_f(x, ...) : Downdated VtV is not positive definite

También probé esta fórmula:

Response ~ gene + (1|Cluster:Participant.ID)y esto: Response ~ gene + (1|Cluster) + (1|Participant.ID)pero obtuve este error:Warning message: In optwrap(optimizer, devfun, getStart(start, rho$pp), lower = rho$lower, : convergence code -4 from nloptwrap

Answer 1

De la descripción actualizada:

• tiene medidas repetidas dentro Subjecty tiene 52 sujetos. No tiene sentido incluir esto como un efecto fijo. Debería ser una variable de agrupación en la estructura aleatoria.

• Randomes "una variable que describe una determinada característica de un individuo. Puede ser una de las 3 opciones". Como tal, no tiene sentido tener esto como una variable de agrupación en la estructura aleatoria. Debería ser un efecto fijo.

• No puedo ver ninguna razón por la TimePointque estaría anidado dentroSubject

Entonces, un modelo apropiado sería:

Response ~ gene + TimePoint + Random + (1 | Subject)

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Editar, ahora que el OP se ha cambiado de modo que se Randomha cambiado el nombre Clustery se Subjectha cambiado el nombre aParticipant.ID

El modelo apropiado sería:

Response ~ gene + TimePoint + Cluster + (1 | Participant.ID)