transiciones en una secuencia

Question

Tengo un conjunto de datos y me gustaría conocer la probabilidad de transición.

Así que tengo tres alfabetos como este (13 estados) que son posibles: CCE CRE DEE FOE GOE ICE ISE MEE PCE PRE PSE RLE WAE

Por ejemplo,

 # A<- c('A-A-A-B', 'A-A-A-A', 'A-B-C-D', 'A-A')
 A<- c('CCE-CRE-DEE-DEE', 'FOE-FOE-GOE-GOE-GOE-ISE', 'ISE-PCE', 'ISE')
 library('stringr')
 B<- str_count(A, "-")
 df<- data.frame(A, B)

Me gustaría obtener la transición entre las letras, por ejemplo, en las transiciones totales (¿cuántas son a otros estados asumiendo que A, B, C, D son estados diferentes?),

Espero un resultado de la siguiente manera:

B aquí están las transiciones totales que ocurren en la secuencia C aquí están las transiciones totales a otros estados

    df$C   
    1        
    0        
    3        
    0        

Answer 1

Puede usar rledesde la base R,

sapply(strsplit(A, '-'), function(i)length(rle(i)$lengths) - 1)
#[1] 1 0 3 0

Answer 2

Podrías usar gsub de la base R:

 str_count(gsub('(\\w+)(-?\\1)+','\\1', A),'-')

EDITAR: para obtener los recuentos únicos, solo agregue 1 a los resultados que tiene