Dapatkan Dockerfile dari paket bioconda

Sep 16 2020

Paket bioconda memiliki gambar kontainer yang terkait. Misal bioconductor-csawpunya image quay.io/biocontainers/bioconductor-csaw.

Saya ingin menyesuaikan gambar, khususnya, saya ingin menambahkan rstudio.

Apakah mungkin untuk mendapatkan Dockerfile yang terkait dengan image dari paket bioconda?

Bagaimana saran Anda untuk melanjutkan menyesuaikan gambar?

Jawaban

1 DevonRyan Sep 16 2020 at 15:59

Dockerfile dihasilkan oleh galaxy-utils, jadi saya tidak sepenuhnya yakin seperti apa tampilannya. Namun, Anda harus dapat membuat wadah "mulled" seperti yang didokumentasikan di sini . Singkatnya, sesuatu dari bentuk:

mulled-build build 'bioconductor-csaw=someversion--somebuildnumber' 'someotherpackage=someversion--somebuildnumber' ...

Itu mungkin membutuhkan pengaturan variabel lingkungan CONDA_IMAGE. Bioconda saat ini menetapkannya menjadi quay.io/dpryan79/mulled_container:latest.