Interpretasi filter MAC GWAS
Saya melakukan analisis GWAS dan mencoba memahami pengaruh filter jumlah alel minor. Mengatur filter menjadi 1% memberi saya plot ini dan saya bingung tentang nilai -log10 yang sama sekitar ~ 3,8 yang menunjukkan pola aneh (banyak titik dalam satu baris dengan nilai yang sama).
Jika saya meningkatkan filter menjadi 6%, titik-titik dalam satu baris menghilang tetapi saya juga kehilangan beberapa SNP yang signifikan:
Sampel sekitar 77000 posisi SNP (barley), tidak termasuk GWAS (semua NaN dihilangkan). GWAS dilakukan dengan 200 sampel fenotipe.
Bagaimana menafsirkan titik-titik dalam satu baris?
Jawaban
Sepertinya genotipe gagal untuk beberapa sampel. Tidak jelas dari operasi apakah data genotipe dikontrol untuk kualitas, tetapi saya akan merekomendasikan melakukan QC sampel.
Di samping catatan: dalam gwas manusia dengan snps yang diperhitungkan, saya berharap untuk melihat kelompok snps yang signifikan sebagai tanda bahwa snps yang signifikan bukanlah artefak. Dalam op ada beberapa snps yang signifikan. Ini mungkin pertanda bahwa snps signifikan itu adalah artefak. Ada juga beberapa snps yang membentuk cluster dan karenanya terlihat lebih menjanjikan.