R: Tibble vs ggplot2 (การพล็อตกราฟ)

Question

ฉันพยายามทำตามบทช่วยสอนใน R (https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/) คอมพิวเตอร์ที่ฉันใช้ในการทำงานไม่มีพอร์ต USB หรือการเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ตมีเพียง R ที่ติดตั้งไลบรารีไม่กี่แห่ง คอมพิวเตอร์ที่ทำงานของฉันมี "survival, ranger, ggplot2 และ dplyr" อย่างไรก็ตามมันไม่มี "ggfortify" ฉันพยายามหาวิธีการพล็อตกราฟจากบทช่วยสอนโดยไม่ใช้ "ggfortify" นี่คือรหัสที่ฉันใช้ด้านล่าง:

  #load libraries
    library(survival)
    library(ranger)
    library(ggplot2)
    library(dplyr)
    
#load data
data(veteran)
head(veteran)

#Part 1 : works
# Kaplan Meier Survival Curve
km <- with(veteran, Surv(time, status))
km_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data=veteran)

#plot(km_fit, xlab="Days", main = 'Kaplan Meyer Plot') #base graphics is always ready

tibble(time = km_fit$time, surv = km_fit$surv, 
       min = km_fit$lower, max = km_fit$upper) %>% 
  ggplot(aes(x = time)) +
  geom_line(aes(y = surv)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)

อย่างไรก็ตามฉันไม่สามารถใช้งานได้:

#Part 2: does not work


km_trt_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ trt, data=veteran)



tibble(time = km_trt_fit$time, surv = km_trt_fit$surv, 
       min = km_trt_fit$lower, max = km_trt_fit$upper) %>% 
    ggplot(aes(x = time, group = factor(veteran$trt), colour = factor(veteran$trt), fill = factor(veteran$trt))) +
    geom_line(aes(y = surv)) +
    geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)


Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (114): group, colour and fill

หรือใช้งานได้:
# ส่วนที่ 3: ไม่ทำงาน

vet <- mutate(veteran, AG = ifelse((age < 60), "LT60", "OV60"),
              AG = factor(AG),
              trt = factor(trt,labels=c("standard","test")),
              prior = factor(prior,labels=c("N0","Yes")))

aa_fit <-aareg(Surv(time, status) ~ trt + celltype +
                 karno + diagtime + age + prior , 
                 data = vet)

tibble(time = aa_fit$time, surv = aa_fit$surv, min = aa_fit$lower, max = aa_fit$upper) %>% 
  ggplot(aes(x = time)) +
  geom_line(aes(y = surv)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)

Error: geom_line requires the following missing aesthetics: y

ใครช่วยแก้ไขให้ฉันหน่อยได้ไหม

ขอบคุณ (Previous Post: R: plotting graphs (ggplot vs autoplot) )

Answer 1

คุณจะต้องทำงานนักสืบ!

ฉันมีเวลาสำหรับตอนที่ 2 ในวันนี้ km_trt_fit$strataดังนั้นมันจะเปิดออกว่าข้อมูลเกี่ยวกับชั้นที่มีอยู่ในองค์ประกอบ ดูเหมือนว่า:

km_trt_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ trt, data=veteran)

km_trt_fit$strata

#> trt=1 trt=2 
#>    61    53

นี่กำลังบอกคุณว่ามี 61 องค์ประกอบtrt=1และ 53 องค์ประกอบของtrt=2. ฉันไม่รู้ว่าทำไมสิ่งเหล่านี้ไม่รวมกันถึง 137 (จำนวนแถวในveteran) แต่ฉันคิดว่านั่นเป็นเพียงวิธีการsurvfit()ทำงาน veteran$trtนอกจากนี้ยังเป็นเหตุผลที่คุณจะได้รับข้อผิดพลาดเพราะส่งผลให้ข้อมูลแบบมีจำนวนที่แตกต่างกันของแถวกว่ากรอบข้อมูลเดิมที่คุณกำลังพยายามที่จะรวมโดยใช้

วิธีแก้ปัญหาของฉัน: สร้างเวกเตอร์ที่strataมีองค์ประกอบ 61 และ 53 ของtrt=1และtrt=2ตามลำดับ:

strata = km_trt_fit$strata
strata = rep(names(strata), times = strata)

รวมสิ่งนั้นไว้ในข้อมูลที่คุณป้อน:

tibble(time = km_trt_fit$time, surv = km_trt_fit$surv,
       min  = km_trt_fit$lower, max = km_trt_fit$upper,
       trt  = factor(strata)) %>%
  ggplot(aes(x = time, colour = trt, fill = trt)) +
  geom_line(aes(y = surv)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)

ผลลัพธ์ค่อนข้างใกล้เคียงกับบทช่วยสอน

ฉันไม่คุ้นเคยกับ ggfortify มากเกินไป แต่งานของมันอาจจะต้องทำสิ่งที่คล้ายกันสำหรับคุณโดยอัตโนมัติ ในกรณีที่ไม่มีคุณจะต้องตรวจสอบโครงสร้างที่สร้างโดยฟังก์ชันแบบจำลองและดึงข้อมูลด้วยตนเองเหมือนที่ฉันทำข้างต้น