Comment calculer RMSD avec GLIDE ?
Aug 24 2020
J'ai besoin de calculer le RMSD entre un ligand co-cristallisé et mes ligands et un ligand non co-cristallisé avec GLIDE mais je ne sais pas comment. Quelqu'un pourrait-il m'expliquer comment faire ? Merci d'avance.
Réponses
3 Camps Aug 25 2020 at 02:10
Le logiciel GLIDE n'est pas utilisé pour le calcul de RMSD. GLIDE est dédié à l'amarrage de petits ligands/protéines (rigide/rigide et flexible/rigide).
Vous pouvez calculer le RMSD à la main, en utilisant les interfaces MAESTRO, CHIMERA et VMD (toutes gratuites pour les universitaires) parmi de nombreux autres logiciels (également gratuits).