Comment calculer RMSD avec GLIDE ?

Aug 24 2020

J'ai besoin de calculer le RMSD entre un ligand co-cristallisé et mes ligands et un ligand non co-cristallisé avec GLIDE mais je ne sais pas comment. Quelqu'un pourrait-il m'expliquer comment faire ? Merci d'avance.

Réponses

3 Camps Aug 25 2020 at 02:10

Le logiciel GLIDE n'est pas utilisé pour le calcul de RMSD. GLIDE est dédié à l'amarrage de petits ligands/protéines (rigide/rigide et flexible/rigide).

Vous pouvez calculer le RMSD à la main, en utilisant les interfaces MAESTRO, CHIMERA et VMD (toutes gratuites pour les universitaires) parmi de nombreux autres logiciels (également gratuits).