Dataset lintasan dipeptida Alanine

Question

Saya mencari kumpulan data lintasan dipeptida alanin. Saya bertanya-tanya apakah ada kumpulan data seperti itu yang tersedia atau tidak mungkin menemukannya dan saya harus mulai menjalankan sendiri simulasi dinamika molekuler. Jika demikian, perangkat lunak apa yang lebih mudah digunakan untuk pemula.

Answer 1

Ada banyak set, tergantung pada medan gaya atau metode (misalnya, semiempiris, kuantum, dll.) Pelarut eksplisit atau implisit, dll., Tetapi jika Anda memulai, alanin dipeptida adalah salah satu tutorial Amber, yang mencakup produksi perbandingan berjalan dan analisis ditautkan dari halaman:

http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial0/

Answer 2

Tautan ini berisi tiga simulasi independen dari makalah berikut:

• F. Nüske, dkk: Model Negara Markov dari Simulasi non-Ekuilibrium pendek - Analisis dan Koreksi Bias Estimasi, J. Chem. Phys. 146 (2017), 094104.
• C. Wehmeyer dan F. Noé: Autoencoder Lambat Waktu: Pembelajaran mendalam tentang variabel kolektif lambat untuk kinetika molekuler, J. Chem. Phys. 148 (2018), 241703.