Agregue un contorno negro para diferentes formas de geom_point en DESeq2 PCA

Question

Estoy ejecutando un PCA con el paquete DESeq2 y me gustaría obtener un contorno negro en las formas que ya están basadas en una observación. Las redondas funcionan, pero las otras formas no.

Ejemplos como Make stat_ellipse {ggplot2} outline geom_point fill color o Colocar un borde alrededor de puntos tienen datos trazados como una única forma.

Es difícil dar un ejemplo reproducible, ya que anteriormente realizó un PCA en un gran conjunto de datos, pero esto es lo que he ejecutado a continuación:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  
geom_point(aes(PC1, PC2, color = dFe, shape = location), shape= 21, colour="black", size= 5)

Creo que la clave está en la codificación de esa nueva capa de geom_point

Corriendo scale_fill_manual I get the following

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  scale_shape_manual(values=c(21,22,23))

Answer 1

Como mencioné en mi comentario, use scale_shape_manualy proporcione una fillestética:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, fill = dFe, shape = location)) +
    geom_point(color = 'black', size = 5) +
    scale_shape_manual(values = c(21L, 22L, 23L))

Answer 2

Prueba esto:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, shape = location))+   
  geom_point(size=7) + 
  geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location), size=5)