Calcular / visualizar la densidad electrónica a partir de información orbital escrita en formato Molden

Dec 28 2020

Estoy tratando de obtener una densidad de electrones a partir de la información orbital escrita en formato Molden mediante la fórmula, $$ \rho(\mathbf{r}) = \sum_{i}^{occ} |\phi_{i}(\mathbf{r})|^{2}. \tag{1} $$

¿Existe algún programa de posprocesamiento para manejar este trabajo?

Creo que puedo hacer un script por mi cuenta, porque el archivo Molden parece proporcionar coeficientes de GTO, pero quiero verificar si ya hay ejemplos que funcionen.

Sería deseable que los datos de la función de densidad final estén en el formato compatible con el software de visualización habitual (como Molden, VMD, etc.), pero creo que se puede visualizar si se representa en una cuadrícula 3D.

Respuestas

9 GeoffHutchison Dec 28 2020 at 03:26

Recomiendo encarecidamente cclib que puede leer Molden y calcular la densidad.

Si bien no los he usado tanto, estoy bastante seguro de que puedes hacer esto con:

  • Orbkit
  • Horton

Sin duda, existen otras herramientas: Molden es un formato bastante estándar para el intercambio químico cuántico.