Cómo transformar múltiples columnas en lign sucesivas en awk

Question

Tengo un archivo A.txt (sep = "\ t", la primera columna está vacía):

    Cycle  A1  A2  B1
    1      4   5   2
    2      7   3   4
    3      3   2   5

Y quiero transformar este archivo en un nuevo archivo B.txt (sep = "\ t"):

Well  Cycle  Value
A1     1     4
A1     2     7
A1     3     3
A2     1     5
A2     2     3
A2     3     2
B1     1     2
B1     2     4
B1     3     5

Intenté algo con: awk '{for (i = 1; i <= NF; i ++) print $ i}' pero no pude entenderlo. ¿Alguien tiene idea de cómo hacer esto? Gracias

Answer 1

No awk, pero usando Miller , dado

$ cat file
    Cycle  A1  A2  B1
    1      4   5   2
    2      7   3   4
    3      3   2   5

luego

$ mlr --pprint --ifs tab reshape -i A1,A2,B1 -o Well,Value then sort -f Well then reorder -f Well file
Well Cycle Value
A1   1     4
A1   2     7
A1   3     3
A2   1     5
A2   2     3
A2   3     2
B1   1     2
B1   2     4
B1   3     5

Puede omitir el sortpaso si no es un requisito.

El reshapecomando Miller también puede aceptar una expresión regular para la selección de campos, ej.

reshape -r '[A-Z][1-9]' -o Well,Value

Answer 2

Primero cargamos el archivo en una matriz de matriz AoA[colidx, rowidx] Luego, al final del bloque de archivo, reestructuramos estos datos en el formato que deseamos.

Nota:

• El separador de campos es \t+caminar sobre pestañas consecutivas y no recibir campos vacíos.
• la gsub()parte consiste en eliminar las n pestañas iniciales al final.
• Este código se encargará de tantas columnas y filas como tenga el archivo (si la memoria lo permite)

awk -F '\t+' '
gsub(/^\t|\t$/, "") {$1=$1} NR==1 {header = "Well" OFS $1 OFS "Value"}
{
  for(i=1; i<=NF; i++) {
    AoA[i, NR] = $(i)
  }
}
END {
  print header
  for(col=2; col<=NF; col++) {
    for(row=2; row<=NR; row++) {
      well  = AoA[col, 1]
      cycle = AoA[1, row]
      value = AoA[col, row]
      print well, cycle, value
    }
  }
}
' OFS='\t' -  | column -t

Resultados:

Well  Cycle  Value
A1    1      4
A1    2      7
A1    3      3
A2    1      5
A2    2      3
A2    3      2
B1    1      2
B1    2      4
B1    3      5

Answer 3

Aquí hay un enfoque (bastante burdo) que requiere que los encabezados sean estáticos y conocidos de antemano, y que no se ordena bien:

$ awk -F'\t' -v OFS="\t" 'BEGIN{print "Well","Cycle","Value"} NR>1{ cycle[NR]=$2;
                            a1[NR]=$3; a2[NR]=$4; 
                            b1[NR]=$5;
                        }
                        END{
                            for(line in cycle){
                                print "A1",cycle[line],a1[line]; 
                                print "A2",cycle[line],a2[line]; 
                                print "B1",cycle[line],b1[line]
                            }
                        }' file 
Well    Cycle   Value
A1  1   4
A2  1   5
B1  1   2
A1  2   7
A2  2   3
B1  2   4
A1  3   3
A2  3   2
B1  3   5

Si necesita ordenar bien, puede usar el aún más crudo:

$ awk -F'\t' -vOFS="\t" 'BEGIN{print "Well","Cycle","Value"}
                         NR>1{
                            cycle[NR]=$2; a1[NR]=$3; 
                            a2[NR]=$4; b1[NR]=$5;
                        }
                        END{
                            for(line in cycle){
                                print "A1",cycle[line],a1[line];
                            }
                            for(line in cycle){
                                print "A2",cycle[line],a2[line]; 
                            }
                            for(line in cycle){
                                print "B1",cycle[line],b1[line]
                            }
                        }' file 
Well    Cycle   Value
A1  1   4
A1  2   7
A1  3   3
A2  1   5
A2  2   3
A2  3   2
B1  1   2
B1  2   4
B1  3   5