Angles dièdres du dipeptide alanine

Question

J'ai un certain nombre de trajectoires de molécules de dipeptide d'alanine et je m'intéresse au calcul des angles dièdres de chaque configuration.

$\quad\quad\quad\quad$

Ai-je sélectionné les bons atomes pour calculer chaque angle dans l'image ci-dessus ? Est-il possible de calculer les deux angles,$\phi$et$\psi$, étant donné uniquement les coordonnées des atomes lourds (sans l'hydrogène dans le cercle vert) ?

Answer 1

Proteopedia suggère que le$\phi$et$\psi$les angles d'un graphique de Ramachandran n'impliquent que des atomes de carbone et d'azote dans leur définition et plus particulièrement les carbones et les azotes dans le squelette de la protéine ou$n$-peptide. Ces définitions sont également utilisées dans un article de BioMol Concepts , décrivant de nouvelles façons de présenter les parcelles de Ramachandran, ce qui suggère que ces définitions sont standard.

$\phi$devrait être le dièdre d'un carbone carbonyle$\ce{C}_{i-1}$, à l'azote suivant$\ce{N}_i$, au carbone alpha$\ce{C(\alpha)}_{i}$, au carbone carbonyle suivant$\ce{C}_{i}$.

$\psi$devrait être le dièdre de l'azote (le même d'après la définition de$\phi$)$\ce{N}_{i}$, au carbone alpha$\ce{C(\alpha)}_{i}$, au carbone carbonyle$\ce{C}_{i}$, à l'azote suivant$\ce{N}_{i+1}$.

Donc, pour répondre à vos questions, votre dessin représente deux angles dièdres différents et le réel$\phi$et$\psi$les angles n'impliquent que des atomes lourds du squelette. A ton image,$\phi$est donné par l'angle (2,4,5,7) tandis que$\psi$est l'angle (4,5,7,9).