Comment visualiser la trajectoire d'une simulation VASP?

Question

Quel (s) progiciel (s) peut-on utiliser pour visualiser la trajectoire de la simulation VASP MD?

VMD prétend qu'il existe un plugin pour lire la sortie VASP, alors que dans la dernière version pour Linux, je ne l'ai pas trouvé (il est là dans la version Windows de VMD), donc je ne peux pas vérifier mes résultats directement avec mes yeux, sauf si je téléchargez-le depuis le serveur ou changez le format au format VMD accepté.

VESTA peut lire le format, mais ne peut visualiser la trajectoire image par image, alors que je préfère regarder le film.

Certaines questions liées, mais pas en double, sont

• Méthodes de visualisation des structures cristallines
• Excellente infographie pour la modélisation de la matière

Mais mon point ici est de connaître le moyen le plus simple de vérifier la trajectoire de simulation MD comme regarder le film sur des serveurs Linux.

Answer 1

VMD

J'ai dû déterrer le script VMD que j'ai utilisé pour cela. VMD ne détecte pas automatiquement le type de fichier, vous devez donc lui indiquer de l'utiliser VASP_XDATCAR5.

Dans la console VMD Tk, vous pouvez charger le fichier XDATCAR à partir de VASP avec la commande suivante:

mol new XDATCAR type VASP_XDATCAR5

Ou, si les GUI sont votre truc, vous pouvez ouvrir File -> New Molecule ..., sélectionner le fichier XDATCAR, et sélectionner VASP_XDATCAR5sous "Determine file type".

Answer 2

ASE

Vous pouvez utiliser l'environnement ASE pour visualiser, il a également différentes options. par exemple, vous pouvez utiliser cette commande:ase gui vasprun.xml

Answer 3

JMol

Pour vous donner une autre option, vous pouvez essayer Jmol qui fonctionne sur Java et devrait être assez simple à compiler sur une machine Linux. Bien que pour être honnête, je ne l'utilise pas personnellement, je pensais simplement ajouter à la liste ici.

Answer 4

OVITO

Une autre option est l'Open VIsualistion TOol ( OVITO ) qui possède une interface conviviale, utilisable sur plusieurs plates-formes, et dispose d'outils de post-traitement et d'analyse facilement disponibles (plus une interface python pour implémenter la vôtre). Selon la documentation, il prend en charge les formats de fichiers suivants: POSCAR / XDATCAR / CHGCAR