RStudio scopre l'installazione di Python pyenv, ma non riesco a eseguire i processi Python

Question

Sto cercando di eseguire Python in RStudio. Ho installato Python 3.8.5 tramite pyenv e ho creato un ambiente virtuale con pyenv virtualenv (che chiamo venv-Rstudio) nella cartella del mio progetto RStudio. Sulla base delle istruzioni qui fornite , credo di essere riuscito correttamente ad indicare a RStudio quale ambiente Python utilizzare:

>Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON="/Users/my_username/.pyenv/versions/venv-Rstudio/bin/python")
> py_discover_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      [NOT FOUND]
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  1 2020, 21:50:37)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.18.5

Quando provo a chiamare Python, ottengo il seguente errore:

> py_config()
Error: Python shared library not found, Python bindings not loaded.
Use reticulate::install_miniconda() if you'd like to install a Miniconda Python environment.

Sospetto che questo abbia qualcosa a che fare con quello libpython: [NOT FOUND]visto sopra, ma mi sono assicurato che libpython sia installato nell'ambiente virtuale venv-Rstudio:

(venv-Rstudio) my_username@MBP15 Rstudio % pip list
Package                Version
---------------------- ---------
...
Keras                  2.4.3
Keras-Preprocessing    1.1.2
libpython              0.2
Markdown               3.2.2
multidict              4.7.6
numpy                  1.18.5
...

Qualche idea su cosa potrei perdere e su come risolverlo? Utilizzo macOS 10.15.7 Catalina, RStudio 1.3 con R versione 4.0.2.

Answer 1

Dopo aver pubblicato la mia domanda, questa domanda è apparsa nell'elenco correlato e questa risposta di @nucholab ha risolto il mio problema. In breve, reinstallare Python con pyenv utilizzando il seguente comando abilita le librerie condivisibili:

env PYTHON_CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" pyenv install 3.8.5 

Dopodiché e ricreando il mio ambiente virtuale (e per la cronaca, installando numpy), il caricamento di Python in RStudio funziona come previsto:

> py_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/lib/libpython3.8.dylib
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/andreas/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  2 2020, 13:54:11)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.2
tensorflow:     [NOT FOUND]

NOTE: Python version was forced by RETICULATE_PYTHON