Вытащить гены / наблюдения из групп cutree_rows в pheatmap

Question

Как вы можете извлечь гены / наблюдения из групп строк, созданных из cutree_rows = 3in pheatmap? было бы ?obj$tree_row$...

obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Я видел, что вы можете найти список генов, если примените k-средства, запустив, как здесь, есть ли способ сохранить кластеризацию на тепловой карте, но уменьшить количество наблюдений?obj$kmeans$cluster

Answer 1

Вы можете просто сделать на нем cutree еще раз, например, данные такие:

set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Сделайте катри:

cl = cutree(obj$tree_row,3)

ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)

ann
    cl
g1   1
g2   2
g3   1
g4   2
g5   3
g6   1
g7   2
g8   1
g9   1
g10  2
g11  3
g12  2
g13  2
g14  1
g15  2
g16  2
g17  1
g18  3
g19  3
g20  2

Мы снова строим график, чтобы убедиться, что это правильно,

pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)