Trazar las predicciones de un modelo mixto como una línea en R

Nov 24 2020

Estoy tratando de trazar las predicciones ( predict()) de mi modelo mixto a continuación de modo que pueda obtener mi trama conceptualmente deseada como una línea a continuación.

He intentado trazar las predicciones de mi modelo, pero no logro la trama deseada. ¿Existe una mejor manera de definir predict()para poder lograr la trama deseada?

library(lme4)

dat3 <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/dat3.csv')

m4 <- lmer(math~pc1+pc2+discon+(pc1+pc2+discon|id), data=dat3)

newdata <- with(dat3, expand.grid(pc1=unique(pc1), pc2=unique(pc2), discon=unique(discon)))

y <- predict(m4, newdata=newdata, re.form=NA)

plot(newdata$pc1+newdata$pc2, y)

Respuestas

2 MagnusNordmo Nov 24 2020 at 20:21

Más sjPlot. Consulte el parámetro gridpara envolver varios predictores en un gráfico.

library(lme4)
library(sjPlot)
library(patchwork)

dat3 <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/dat3.csv')

m4 <- lmer(math~pc1+pc2+discon+(pc1+pc2+discon|id), data=dat3) # Does not converge

m4 <- lmer(math~pc1+pc2+discon+(1|id), data=dat3) # Converges

# To remove discon
a <- plot_model(m4,type = 'pred')[[1]]
b <- plot_model(m4,type = 'pred',title = '')[[2]]

a + b 

Edición 1: tuve algunos problemas para eliminar el dropcontérmino dentro del sjPlotmarco. Me di por vencido y volví a caer patchwork. Estoy seguro de que Daniel podría conocer el camino correcto.

Oliver Nov 24 2020 at 20:14

Como sugiere Magnus Nordmo, esto es muy simple con el sjPlotque tiene algunas funciones predefinidas para este tipo de tramas.

library(lme4)

dat3 <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/dat3.csv')

m4 <- lmer(math~pc1+pc2+discon+(pc1+pc2+discon|id), data=dat3)

plot_model(m4, type = 'pred', terms = c('pc1', 'pc2'),
           ci.lvl = 0)

que da el siguiente resultado.

Esta gráfica está diseñada para incluir diferentes cuantiles del segundo término en termslos ejes de pc1y pred. Puede dividir estos gráficos y combinarlos usando patchworky el intervalo se puede cambiar usando corchetes después del término en terms(por ejemplo, pc1 [-10:1]para el intervalo entre -10 y 1).