Obtenez Dockerfile d'un package bioconda
Les packages Bioconda ont des images de conteneurs associées. Par exemple, bioconductor-csawa l'image quay.io/biocontainers/bioconductor-csaw.
Je voudrais personnaliser l'image, en particulier, je voudrais ajouter rstudio.
Est-il possible d'obtenir le Dockerfile associé à l'image d'un package bioconda?
Comment proposez-vous de procéder pour personnaliser l'image?
Réponses
Le Dockerfile est généré par galaxy-utils, donc je ne suis pas tout à fait sûr à quoi il ressemble. Cependant, vous devriez être capable de générer un tel conteneur "chaud" comme documenté ici . En bref, quelque chose de la forme:
mulled-build build 'bioconductor-csaw=someversion--somebuildnumber' 'someotherpackage=someversion--somebuildnumber' ...
Cela nécessite probablement de définir la variable d'environnement CONDA_IMAGE. Bioconda définit actuellement cela sur quay.io/dpryan79/mulled_container:latest.