Package Meta et Metafor R -

Question

Je mène actuellement une métaanalyse en R en utilisant le package "metafor". En faisant mes recherches, je suis tombé sur un package différent pour les méta-analyses en R, à savoir "meta". J'aime mieux l'intrigue forestière créée par ce dernier package (au niveau de la conception) mais malheureusement certaines des données ne sont pas les mêmes que dans l'intrigue que j'ai créée avec metafor.

Plus précisément, les données ne sont différentes que pour I ^ 2 et l'estimation groupée.

meta_1 <- rma(yi=yi, vi=vi, measure="SMD", method="ML", slab=Citation, data=dat)
forest(meta_1)

meta_2 <- metagen(yi,vi^.5,data = dat,studlab = paste(Citation), comb.fixed = FALSE, 
                 comb.random = TRUE, hakn = TRUE, method.tau = "ML", sm = "SMD")
forest(meta_2)

Est-ce que quelqu'un sait pourquoi ces différences émergent?

Answer 1

J'ai donc pu faire correspondre l'intervalle de prédiction entre les fonctions, mais pas les valeurs I ^ 2 (même si la différence n'est que de 2%). Il peut y avoir une correction statistique qu'un progiciel est en train de faire par rapport à l'autre ou cela a à voir avec l'approche de modélisation de type RE / FE.

Quoi qu'il en soit, j'espère que ce code vous aidera à vous orienter dans la bonne direction. Pour que les CI correspondent, vous devez également utiliser le paramètre method.tau.cidans metagen().

library(meta)
library(metafor)
study<- c(1:10) 
yi<- c( -0.48965031,0.64970214, 0.11201680,0.07945655,-0.70874645 -0.54922759,0.66768916 , -0.45523574 ) 
vi <- c(0.10299697,0.14036855,0.05137812, 0.03255550, 0.34913525, 0.34971466, 0.07539957, 0.08428983) 
dat <- cbind(study, yi, vi) 
dat <- as.data.frame(dat)

meta_1 <- rma(yi=dat$yi, vi=dat$vi, measure="SMD", method="REML", slab=paste(study), data=dat) 
forest(meta_1) 

meta_2 <- meta::metagen(TE =dat$yi,seTE = dat$vi^.5, method.tau = 'REML',
                        method.tau.ci = 'BJ', comb.random = TRUE, comb.fixed = TRUE,
                        sm = 'SMD') 

forest(meta_2)