Differenza tra paired-end, mate-pair e long read

Question

Scrivo qui perché ho alcune domande per te.

Mi sono chiesto quali siano le differenze essenziali tra le erano paired-end, mate-paire long read?

per me mate-paire classico paired-endsono entrambi paired-end reads, con la differenza che:

1. Per il classico paired-end: la dimensione dell'inserto sul classico paired-end è più piccola (circa 500 bp)
2. mentre la dimensione dell'inserto mate-pairè molto più lunga (diversi Kb) il che permette di unire il contiguo tra di loro soprattutto vero?

Per vendicarsi del long-reads, immagino che siano semplicemente delle letture sintetizzate con una grande dimensione di lettura ma che non permettono come il maite-pair di fare giunzioni tra i contigui?

Answer 1

Sono tutti molto diversi per aspetti separati, ma si riferiscono tutti a diversi protocolli / tecnologie di laboratorio umido e di sequenziamento.

Innanzitutto, le letture PE (paired end) sono in genere brevi (50-300), più spesso i protocolli Illumina HiSeq, MiSeq o NovaSeq. Entrambe le coppie provengono da un singolo frammento che viene sequenziato da entrambe le estremità:

------> PE1
-------------------------------- Fragment
                         <------ PE2
       ^^^^^^^^^^^^^^^^^^        Insert

Al contrario, le coppie di accoppiamento derivano da un frammento che viene circolarizzato prima del sequenziamento. Ora immagina che il frammento sia circolarizzato:

                     -----> MP1
....--------------------------------.......
          MP2 <-----
                    ^Circularized (joined) here

Le letture lunghe si riferiscono tipicamente a dati nanopori PacBio o Oxford, con lunghezze di lettura molto lunghe (fino a diverse centinaia di kb).