Ottenere sequenze proteiche accedendo a Uniprot (con Python)

Question

Ho un elenco di ID di proteine ​​che sto cercando di accedere alle sequenze di proteine ​​da Uniprot con Python. Mi sono imbattuto in questo post: Sequenza proteica da uniprot protein id python ma fornisce un elenco di elementi e non la sequenza effettiva:

Codice

import requests as r
from Bio import SeqIO
from io import StringIO

cID='P04637'

baseUrl="http://www.uniprot.org/uniprot/"
currentUrl=baseUrl+cID+".fasta"
response = r.post(currentUrl)
cData=''.join(response.text)

Seq=StringIO(cData)
pSeq=list(SeqIO.parse(Seq,'fasta'))

che dà output:

produzione

[SeqRecord(seq=Seq('MQAALIGLNFPLQRRFLSGVLTTTSSAKRCYSGDTGKPYDCTSAEHKKELEECY...SSS', SingleLetterAlphabet()), id='sp|O45228|PROD_CAEEL', name='sp|O45228|PROD_CAEEL', description='sp|O45228|PROD_CAEEL Proline dehydrogenase 1, mitochondrial OS=Caenorhabditis elegans OX=6239 GN=prdh-1 PE=2 SV=2', dbxrefs=[])]

Ero solo curioso di sapere come posso effettivamente ottenere la sequenza stessa.

Answer 1

[record.seq for record in pSeq]

modifica: ti consigliamo str(pSeq[0].seq)