하나의 열을 기반으로 한 정규화를위한 R 함수?

Question

마지막 열 (샘플) 샘플 = 시퀀스 된 게놈 수를 기반으로 R에서이 테이블을 정규화 할 수 있습니까? 그래서 저는 모든 조건에서 모든 유전자의 정규화 된 분포를 얻고 싶습니다.

내 데이터의 단순화 된 예 :

나는 시도했다 :

dat1 <- read.table(text = " gene1   gene2   gene3   samples 
condition1  1   1   8   120
condition2  18  4   1   118
condition3  0   0   1   75
condition4  32  1   1   130", header = TRUE)

dat1<-normalize(dat1, method = "standardize", range = c(0, 1), margin = 1L, on.constant = "quiet")

그러나 결과에는 음수 값이 포함되어 있으며이 방법이 얼마나 유용한 지 잘 모르겠습니다. 의미있는 결과를 얻기 위해 데이터를 정규화하는 방법을 제안 해 주시겠습니까?

멍청한 질문이라면 대단히 감사하고 사과드립니다.

Answer 1

데이터를 사용하여 먼저 min max 함수를 작성합니다.

minmax = function(x){ (x-min(x))/(max(x)-min(x))}

그런 다음 열을 반복합니다.

norm = data.frame(lapply(dat1[,1:3],function(i) minmax(i/dat1$samples)))

그리고 다음과 같이 보입니다. 정확하기를 바랍니다.

       gene1     gene2      gene3
1 0.03385417 0.2458333 1.00000000
2 0.61970339 1.0000000 0.01326455
3 0.00000000 0.0000000 0.09565217
4 1.00000000 0.2269231 0.00000000