metatable의 열을 기반으로 snakemake 규칙의 조건부 실행

Question

snakemake 워크 플로에서 조건부로 규칙을 실행하기 위해 텍스트 파일의 열을 사용하려고합니다.

텍스트 파일은 다음과 같습니다.

id  end sample_name fq1 fq2
a   paired  test_paired resources/SRR1945436_1.fastq.gz resources/SRR1945436_2.fastq.gz
b   single  test_single resources/SRR1945436.fastq.gz   NA

텍스트 파일의 각 샘플에 대해 끝 열의 값이 쌍을 이루면 규칙 cp_fastq_pe를 사용하고 end가 단일이면 규칙 cp_fastq_pe를 사용하여 각각 fq1 및 fq2 또는 fq1 파일 만 처리하고 싶습니다.

Snakefile의 관련 부분은 다음과 같습니다.

import pandas as pd
samples = pd.read_table("config/samples.tsv").set_index("id", drop=False)
all_ids=list(samples["id"])

rule cp_fastq_pe:
    """
    copy file to resources
    """
    input:
        fq1=lambda wildcards: samples.loc[wildcards.id, "fq1"],
        fq2=lambda wildcards: samples.loc[wildcards.id, "fq2"]
    output:
        "resources/fq/{id}_1.fq.gz",
        "resources/fq/{id}_2.fq.gz"
    shell:
        """
        cp {input.fq1} {output[0]}
        cp {input.fq2} {output[1]}
        """

rule cp_fastq_se:
    """
    copy file to resources
    """
    input:
        fq1=lambda wildcards: samples.loc[wildcards.id, "fq1"]
    output:
        "resources/fq/{id}.fq.gz",
    shell:
        """
        cp {input.fq1} {output}
        """

이것이 가능합니까?

Answer 1

비슷한 문제가 있었는데 여기서 해결했습니다. Snakemake 입력을 선택 사항이지만 비어 있지 않게 만드는 방법은 무엇입니까?

다음은 문제에 맞게 조정 된 아이디어입니다. 먼저 ruleorder모호성을 해결하기 위해 를 지정해야합니다 (그렇지 않으면 쌍이 가능할 때마다 항상 싱글을 적용 할 수 있습니다).

ruleorder: cp_fastq_pe > cp_fastq_se

다음으로, cp_fastq_pe규칙에서 유효한 파일 (쌍이있는 경우)을 반환하거나 존재하지 않는 파일에 대한 자리 표시자를 반환하는 함수를 정의해야합니다.

rule cp_fastq_pe:
    input:
        fq1=lambda wildcards: samples.loc[wildcards.id, "fq1"],
        fq2=lambda wildcards: samples.loc[wildcards.id, "fq2"] if "fq2" in samples else "non-existing-filename"

이 규칙은 "fq2"필드가 존재하고 유효한 파일을 나타내는 모든 샘플에 적용 됩니다. 나머지 샘플에는 다른 규칙이 선택됩니다.