Как передать именованный список аргументу точки (`…`) функции (в частности, `anova`) в R? (альтернативы `do.call`)
У меня есть список смешанных выходных моделей, lme4::lmer
которые я хочу передать и anova
которые имеют форму anova(object, ...)
, поэтому я делаю
models_list <- list("lmm1" = lmm1, "lmm2" = lmm2, "lmm3" = lmm3, "lmm4" = lmm4, "lmm5" = lmm5)
do.call(anova, c(models_list[[1]], models_list[-1]))
Warning in anova.merMod(new("lmerMod", resp = new("lmerResp", .xData = <environment>), :
failed to find model names, assigning generic names
Я получаю результат, но с общими именами, отмеченными предупреждением, поэтому такой же результат, как если бы models_list
не был назван. Я тоже спрашивал на гитхабе (https://github.com/lme4/lme4/issues/612), но с помощью do.call
кажется, что я не смогу решить эту проблему. Есть ли другой способ?
Воспроизводимый пример
library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
fm2 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days || Subject), sleepstudy)
anova(fm1,fm2)
refitting model(s) with ML (instead of REML)
Data: sleepstudy
Models:
fm2: Reaction ~ Days + ((1 | Subject) + (0 + Days | Subject))
fm1: Reaction ~ Days + (Days | Subject)
npar AIC BIC logLik deviance Chisq Df Pr(>Chisq)
fm2 5 1762.0 1778.0 -876.00 1752.0
fm1 6 1763.9 1783.1 -875.97 1751.9 0.0639 1 0.8004
# so I can see fm2 and fm2, to which model corresponds each line, but
models_list <- list("fm1" = fm1, "fm2" = fm2)
do.call(anova, c(lmaux[[1]], lmaux[-1]))
Warning in anova.merMod(new("lmerMod", resp = new("lmerResp", .xData = <environment>), :
failed to find model names, assigning generic names
refitting model(s) with ML (instead of REML)
Data: sleepstudy
Models:
MODEL2: Reaction ~ Days + ((1 | Subject) + (0 + Days | Subject))
MODEL1: Reaction ~ Days + (Days | Subject)
npar AIC BIC logLik deviance Chisq Df Pr(>Chisq)
MODEL2 5 1762.0 1778.0 -876.00 1752.0
MODEL1 6 1763.9 1783.1 -875.97 1751.9 0.0639 1 0.8004
так наименовании модели fm1
, fm2
были заменены MODEL2
, MODEL1
; это проблема, если названия моделей даны путем изменения (возможно, непоследовательного) номеров.
Я проверил возможные вопросы, из которых они могут быть своего рода дубликатами, так как
- Как передать список функции в R?
- Передайте частичный список аргументов в do.call ()
- Как передать дополнительный аргумент аргументу функции do.call в R
но не нашли удовлетворительного ответа.
Спасибо!
Ответы
anova.merMod
использует нестандартную оценку (NSE) для получения названий моделей. Как это часто бывает, NSE доставляет больше хлопот, чем оно того стоит. Вот решение:
eval(
do.call(
call,
c(list("anova"),
lapply(names(models_list), as.symbol)),
quote = TRUE),
models_list)
#refitting model(s) with ML (instead of REML)
#Data: sleepstudy
#Models:
#fm2: Reaction ~ Days + ((1 | Subject) + (0 + Days | Subject))
#fm1: Reaction ~ Days + (Days | Subject)
# npar AIC BIC logLik deviance Chisq Df Pr(>Chisq)
#fm2 5 1762.0 1778.0 -876.00 1752.0
#fm1 6 1763.9 1783.1 -875.97 1751.9 0.0639 1 0.8004
Решение вызывает вызов. Это делается с помощью call
функции как обычно. Однако здесь нам нужно передать (цитируемые) аргументы в виде списка, используя do.call
. Затем мы оцениваем этот вызов в списке моделей.
Я бы попытался избежать этого в производственном коде, потому что он довольно сложен и, следовательно, его трудно поддерживать.