Как передать именованный список аргументу точки (`…`) функции (в частности, `anova`) в R? (альтернативы `do.call`)

Dec 15 2020

У меня есть список смешанных выходных моделей, lme4::lmerкоторые я хочу передать и anovaкоторые имеют форму anova(object, ...), поэтому я делаю

models_list <- list("lmm1" = lmm1, "lmm2" = lmm2, "lmm3" = lmm3, "lmm4" = lmm4, "lmm5" = lmm5)
do.call(anova, c(models_list[[1]], models_list[-1]))
Warning in anova.merMod(new("lmerMod", resp = new("lmerResp", .xData = <environment>),  :
  failed to find model names, assigning generic names

Я получаю результат, но с общими именами, отмеченными предупреждением, поэтому такой же результат, как если бы models_listне был назван. Я тоже спрашивал на гитхабе (https://github.com/lme4/lme4/issues/612), но с помощью do.callкажется, что я не смогу решить эту проблему. Есть ли другой способ?

Воспроизводимый пример

library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
fm2 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days || Subject), sleepstudy)
anova(fm1,fm2)
refitting model(s) with ML (instead of REML)
Data: sleepstudy
Models:
fm2: Reaction ~ Days + ((1 | Subject) + (0 + Days | Subject))
fm1: Reaction ~ Days + (Days | Subject)
    npar    AIC    BIC  logLik deviance  Chisq Df Pr(>Chisq)
fm2    5 1762.0 1778.0 -876.00   1752.0                     
fm1    6 1763.9 1783.1 -875.97   1751.9 0.0639  1     0.8004
# so I can see fm2 and fm2, to which model corresponds each line, but
models_list <- list("fm1" = fm1, "fm2" = fm2)
do.call(anova, c(lmaux[[1]], lmaux[-1]))
Warning in anova.merMod(new("lmerMod", resp = new("lmerResp", .xData = <environment>),  :
  failed to find model names, assigning generic names
refitting model(s) with ML (instead of REML)
Data: sleepstudy
Models:
MODEL2: Reaction ~ Days + ((1 | Subject) + (0 + Days | Subject))
MODEL1: Reaction ~ Days + (Days | Subject)
       npar    AIC    BIC  logLik deviance  Chisq Df Pr(>Chisq)
MODEL2    5 1762.0 1778.0 -876.00   1752.0                     
MODEL1    6 1763.9 1783.1 -875.97   1751.9 0.0639  1     0.8004

так наименовании модели fm1, fm2были заменены MODEL2, MODEL1; это проблема, если названия моделей даны путем изменения (возможно, непоследовательного) номеров.

Я проверил возможные вопросы, из которых они могут быть своего рода дубликатами, так как

  • Как передать список функции в R?
  • Передайте частичный список аргументов в do.call ()
  • Как передать дополнительный аргумент аргументу функции do.call в R

но не нашли удовлетворительного ответа.

Спасибо!

Ответы

2 Roland Dec 15 2020 at 18:50

anova.merModиспользует нестандартную оценку (NSE) для получения названий моделей. Как это часто бывает, NSE доставляет больше хлопот, чем оно того стоит. Вот решение:

eval(
  do.call(
    call, 
    c(list("anova"), 
      lapply(names(models_list), as.symbol)), 
    quote = TRUE), 
  models_list)

#refitting model(s) with ML (instead of REML)
#Data: sleepstudy
#Models:
#fm2: Reaction ~ Days + ((1 | Subject) + (0 + Days | Subject))
#fm1: Reaction ~ Days + (Days | Subject)
#    npar    AIC    BIC  logLik deviance  Chisq Df Pr(>Chisq)
#fm2    5 1762.0 1778.0 -876.00   1752.0                     
#fm1    6 1763.9 1783.1 -875.97   1751.9 0.0639  1     0.8004

Решение вызывает вызов. Это делается с помощью callфункции как обычно. Однако здесь нам нужно передать (цитируемые) аргументы в виде списка, используя do.call. Затем мы оцениваем этот вызов в списке моделей.

Я бы попытался избежать этого в производственном коде, потому что он довольно сложен и, следовательно, его трудно поддерживать.