Tracer une pile raster avec ggplot2

Question

Mon objectif est de tracer un rasterstack comme une seule image en utilisant ggplot2. Tout d'abord, j'applique ggplotsur un raster à couche unique en utilisant le code suivant:

#Load packages
library(raster)
library(ggplot2)

#Create a random raster layer
set.seed(11)
r <- raster(nrows = 10, ncols = 10, res = 30, xmn = 267195, xmx = 267375, ymn = 4016985, ymx = 4017135)
r <- setValues(r, runif(ncell(r), min = -10000, max = 10000))
crs(r) <- "+proj=utm +zone=43 +datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0"
plot(r) #Produce simple plot

rdf <- as.data.frame(r, xy=TRUE) #Convert raster to data.frame
names(rdf)[3] <- 'magnitude' #Name value column
head(rdf)

Maintenant je postule gglpot()

ggplot(data = rdf)+
  geom_raster(mapping=aes(x=x, y=y, fill=magnitude))+
  scale_fill_gradientn(colours= rev(terrain.colors(10)), name='Magnitude')

Il s'imprime avec succès. Maintenant, je crée une pile raster avec 10 couches et l'appelle ndvi.

rr <- lapply(1:10, function(i) setValues(r, runif(ncell(r), min = -10000, max = 10000)))
ndvi <- stack(rr)
crs(ndvi) <- "+proj=utm +zone=43 +datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0"
plot(ndvi)

Comment puis-je tracer cette pile en utilisant ggplot2? Dois-je créer un data.frame mais comment puis-je fournir un argument de remplissage aes()et facet_wrap()?

Answer 1

Vous pouvez utiliser scale_fill_gradientnpour spécifier le remplissage et facet_wrapchoisir les couleurs à partir de là:

1. Si vous avez rasterVisinstallé le package, vous pouvez utiliser la gplotfonction pour créer l' ggplotobjet

library(rasterVis)
gplot(ndvi) + 
  geom_tile(aes(fill = value)) +
  facet_wrap(~ variable) +
  scale_fill_gradientn(colours = rev(terrain.colors(225))) +
  coord_equal()

1. Sinon, vous pouvez construire les données vous-même, ce qui est essentiellement ce que fait la gplotfonction

coords <- xyFromCell(ndvi, seq_len(ncell(ndvi)))
ndvi <- stack(as.data.frame(getValues(ndvi)))
names(ndvi) <- c('value', 'variable')

ndvi <- cbind(coords, ndvi)
ggplot(ndvi) + 
  geom_tile(aes(x, y, fill = value)) +
  facet_wrap(~ variable) +
  scale_fill_gradientn(colours = rev(terrain.colors(225))) +
  coord_equal()