Come risolvere il problema nello script awk?

Question

Ho il seguente set di dati ottenuto utilizzando bcftools;

$ bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf 

CHROM POS REF ALT AN AC 

6 85406127 T A 6 2
6 85406180 T G 6 5
6 85406187 T G 6 1
-
-
-
6 85434019 T A 0 0
6 85434075 A C 0 0

L'output desiderato si ottiene con il seguente comando:

bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf | awk '$5 !=0' | awk '{printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5}' 

6:85406127 T:A 0.333333
6:85406139 T:C 0.000000
6:85406180 T:G 0.833333

Nel set di dati, contiene gli zeri nella quinta e nella sesta colonna. Quindi 0 diviso per 0 risulta fatale: si tenta la divisione per zero . Ecco perché voglio vedere gli NA nella terza colonna dell'output.

6:85406127 T:A 0.333333
6:85406139 T:C NA
6:85406180 T:G 0.833333

Il mio tentativo di ottenere l'output è stato mostrato di seguito:

bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf | awk '{ if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
'{printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5}'
else
'{printf "%s:%s %s:%s %b\n", $1, $2, $3, $4, 'NA'}'
}'

Ma ho ricevuto questo risultato:

awk: cmd. line:1: { if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
awk: cmd. line:1:      ^ syntax error
awk: cmd. line:1: { if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
awk: cmd. line:2: {printf
awk: cmd. line:2:        ^ unexpected newline or end of string

Come posso risolvere questo problema?

Qualsiasi contributo è ben accetto!

Answer 1

Eri quasi arrivato. Usa questo awk:

awk '{ if ($5!= 0 && $6!= 0) {printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5} else {printf "%s:%s %s:%s NA\n", $1, $2, $3, $4} }'

La stringa "NA" fa parte della printfstringa stessa. Inoltre, non metti l' { *statemet* }interno'

Inoltre, non mischiare bashcalcoli ( [[ ]]) all'interno di AWK.

Puoi avere un rapido controllo della grammatica AWK qui

Answer 2

Tutto ciò di cui hai bisogno è un'espressione ternaria:

bcf... | awk 'NR>1{printf "%s:%s %s:%s %s\n", $1, $2, $3, $4, ($5 ? $6/$5 : "NA")}'

Non importa se lo $6è 0o no poiché non stai dividendo per esso.

Guarda (usando cat fileal posto del tuo bcf...comando che non ho):

$ cat file CHROM POS REF ALT AN AC 6 85406127 T A 6 2 6 85406180 T G 6 5 6 85406187 T G 6 1 6 85434019 T A 0 0 6 85434075 A C 0 0 $ cat file | awk 'NR>1{printf "%s:%s %s:%s %s\n", $1, $2, $3, $4, ($5 ? $6/$5 : "NA")}'
6:85406127 T:A 0.333333
6:85406180 T:G 0.833333
6:85406187 T:G 0.166667
6:85434019 T:A NA
6:85434075 A:C NA